近日，中國農業科學院鄭州果樹研究所曹尚銀研究員帶領科研人員破譯軟籽石榴“突尼斯”全基因組，獲得了軟籽石榴‘突尼斯’高質量基因組序列，為解析軟籽和硬籽石榴品種分化遺傳機制提供了基礎。該成果在線發表于《植物生物技術（Plant Biotechnology Journal）》。
石榴 (Punica granatum L.) 是一古老的落葉灌木果樹樹種，栽培歷史悠久。因其營養豐富、藥用價值高、保健功能強,越來越受到人們的重視，消費群體不斷增加，產業迅猛發展。據統計,目前我國石榴栽植面積約180萬余畝，位居世界第一。石榴被譽為“生命之果”，其果皮、果肉以及種子均含有豐富的類黃酮、多酚、花青素等抗氧化物質，有利于預防高血脂、高血壓、HIV、傳染性疾病、冠心病、前列腺癌癥等疾病。尤其是軟籽石榴品種，籽粒硬度小，食用時易于吞咽，避免了營養的流失；此外，軟籽石榴市場售價通常是普通品種的2–4倍，是廣大果農脫貧致富的良果佳品。‘突尼斯’石榴是目前國內廣泛栽培的軟籽品種。與硬籽石榴相比，軟籽石榴的不抗凍，嚴重威脅和制約了軟籽石榴產業健康持續發展。高質量的基因組圖譜為軟籽石榴遺傳改良研究奠定了重要基礎。
該研究基于二代和三代測序獲得了軟籽石榴‘突尼斯’高質量基因組序列，基因組大小為320.31 Mb，Contig N50為4.49 Mb，注釋了33,594個基因。采用Hi-C光學技術結合遺傳圖譜將97.76%的序列組裝到了8對染色體上。與現有的‘泰山紅’石榴基因組相比，‘突尼斯’多組裝出了46.01Mb序列，Contig N50的平均長度提升了46倍，在組裝完整度及精確度上都得到了極大地提升。
比較基因組學研究表明，軟籽‘突尼斯’基因組和硬籽‘泰山紅’‘大笨籽’基因組間存在著大量的SNP和InDel變異。對26個石榴品種進行群體遺傳學分析表明，軟籽石榴群體和硬籽石榴群體間存在著大量的受選擇位點。尤其是Chr1上，存在著高達26.2Mb的受選擇區段。基因注釋信息表明，與基因組變異及選擇信號相關的基因潛在地影響著石榴硬籽和軟籽特性分化。
該研究得到中國農科院科技創新工程以及國家科技基礎性工作專項重點項目資助。（通訊員 趙倩）
