近日，中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院北京畜牧獸醫(yī)研究所飼草育種與栽培科技創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)探索了機(jī)器學(xué)習(xí)算法在紫花苜蓿基因組預(yù)測(cè)中應(yīng)用的可行性，構(gòu)建了基于紫花苜蓿秋眠性狀基因組的最佳預(yù)測(cè)模型，準(zhǔn)確預(yù)測(cè)了紫花苜蓿秋眠性，為利用基因組預(yù)測(cè)方法開展紫花苜蓿分子育種提供了重要參考。相關(guān)研究成果發(fā)表在《園藝研究（Horticulture Research）》上。
紫花苜蓿被譽(yù)為“牧草之王”，是草食動(dòng)物的重要蛋白牧草。秋眠性是影響紫花苜蓿秋季再生性和產(chǎn)量的重要性狀，對(duì)紫花苜蓿育種具有重要價(jià)值。為探索機(jī)器學(xué)習(xí)算法在紫花苜蓿基因組預(yù)測(cè)應(yīng)用方面的可行性，該研究以全基因組關(guān)聯(lián)分析鑒定到的分子標(biāo)記為依據(jù)，利用候選SNP位點(diǎn)進(jìn)行秋眠性表型預(yù)測(cè)，同時(shí)結(jié)合機(jī)器學(xué)習(xí)算法獲得類似于基于表型選擇的預(yù)測(cè)準(zhǔn)確率。
研究人員對(duì)5種預(yù)測(cè)模型進(jìn)行了分析比較和交叉驗(yàn)證，發(fā)現(xiàn)SVM linear預(yù)測(cè)模型具有高準(zhǔn)確率和最佳回歸系數(shù)。進(jìn)一步利用單株個(gè)體秋眠性表型預(yù)測(cè)品種內(nèi)平均表型，結(jié)合單株個(gè)體秋眠性GWAS關(guān)聯(lián)SNP標(biāo)記和SVM linear模型進(jìn)行平均表型預(yù)測(cè)，結(jié)果表明預(yù)測(cè)準(zhǔn)確率可達(dá)64.1%。
該研究得到國(guó)家自然科學(xué)基金、國(guó)家牧草產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系、內(nèi)蒙古科技重大專項(xiàng)和國(guó)家公派留學(xué)等項(xiàng)目的資助。（通訊員 付松川）
原文鏈接：https://doi.org/10.1093/hr/uhac225
