家畜疫病病原生物學國家重點實驗室依托蘭州獸醫研究所成立，分設病毒病、細菌病、寄生蟲病和人獸共患病四個研究單元，圍繞病原生態學與流行病學、病原功能基因組學、感染與致病機理、免疫機理和防控技術基礎5個研究方向，開展基礎研究和應用基礎研究,為動物疫病防控提供科學理論與技術支撐。
病毒病研究單元是我國口蹄疫理論創新、產品創制、技術咨詢的中心，在我國口蹄疫監測和流行病學調查中發揮核心作用，O型、A型、亞洲I型單價及多價滅活疫苗是我國現階段口蹄疫防控的主導產品。首創了口蹄疫病毒單質粒拯救系統，實現了制苗種毒的定向改造和構建，克服了自然毒株在制苗特性方面的缺陷，使抗原產量、抗原譜、免疫保護效率等得到了大幅度提升。建立了抗原設計與制備的全新技術體系，研制了病毒樣顆粒、表位肽、合成肽等新型疫苗，是我國口蹄疫診斷與監測的主要產品。
細菌病研究單元：針對“退牧還草”政策實施和集約化養殖迅速發展過程中頻發的羊呼吸道疾病開展了流行病學和防控技術研究，查清了我國羊支原體肺炎的的優勢病原和流行規律，創新了支原體培養工藝，提高了抗原產量，帶動了羊支原體肺炎防控技術產品的升級換代，為我國現代養羊業的健康發展提供了技術支撐。
寄生蟲病研究單元：針對寄生蟲病流行廣泛，嚴重影響飼料的轉化率及動物健康狀況，同時，許多家畜寄生蟲病為人獸共患病，可嚴重危害人類的生命與健康。
