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    一、緊緊抓住現代農業為學科發展帶來的機遇與挑戰
    發展現代農業，推進工業化、城鎮化和農業現代化的“三化”同步，必將面臨我國農業資源的一系列制約和挑戰。
    在農業資源利用方面，我國耕地資源不僅在數量上已經逼近18億畝的紅色警戒線，而且耕地質量整體水平偏低，農田土壤退化問題日益突出；我國人均水資源僅為世界平均水平的1/4，是全球13個人均水資源最貧乏的國家之一，而未來可供利用的農業水資源將呈進一步減少趨勢；我國肥料資源利用率低，氮肥利用率僅為30%-35%，磷肥為10%-20%，大量的肥料養分通過不同損失途徑進入環境，已成為水體富營養化、飲用水硝酸鹽污染，以及溫室氣體排放的重要來源。
    在農業資源監測方面，我國地域遼闊，農業生產類型多樣，種植結構復雜，迫切需要建立適合我國復雜國情的農作物、草地和農業災害遙感監測技術體系，創建符合現代農業發展需要的農業信息決策支持與服務系統。
    在農業資源區劃方面，需要加強農業空間格局演變規律、區域發展動力與區域協調機制研究，為優化農業區域布局，推動農業區域發展提供科技支撐。
    如何圍繞現代農業發展的國家戰略需求，結合世界科技發展前沿，突出研究所特色和優勢，高度凝練學科方向，是當前推進現代科研院所建設的重中之重。
    二、深入分析資劃所的學科特色及存在問題
    農業資源與農業區劃研究所以農業資源高效利用和農業區域發展為研究主體，涉及農業資源（土壤、肥料、水資源、微生物）高效利用、農業遙感監測、農業區域發展等多學科、多領域，是一所宏觀與微觀結合，自然科學、社會經濟與工程技術結合，基礎研究與應用研究結合的國家級農業科研機構。其多學科、綜合性的顯著特色，一方面有利于學科的交叉滲透和相互促進；但另一方面也造成了科研資源的分散，難以形成在國內外具備領先優勢的學科方向和人才團隊，并最終難以產出有重大科學和社會影響的科研成果。
    以國家自然科學基金項目為例，2007-2011年，資源區劃所共獲得基金資助項目49項，總資助經費1372萬元。項目分別來自國家自然科學基金委的地球科學部、生命科學部、化學科學部和管理科學部，廣泛分布于土壤學、遙感機理與方法、污染物行為過程及其環境效應、植物營養學、微生物資源與分類學、環境污染化學，以及宏觀管理與政策領域中的農林經濟管理等近20個研究方向。項目小而分散，絕大多數為面上基金（21項）和青年基金（21項），基金重點項目和重大國際合作項目僅各1項，而在重大研究計劃、國家杰出青年科學基金、創新研究群體等高端項目類型上則一直為空白。類似的項目分布特征也出現在國家863計劃、公益性行業（農業）科研專項等應用基礎和應用領域的資助計劃中。
    三、進一步凝練學科領域，明確戰略發展方向
    盡管植物營養與肥料、農業遙感與信息技術、農業生態與環境、農業區域發展、現代土壤與水資源利用，以及農業微生物資源與利用等都是資源區劃所傳統的優勢學科領域，但為了實現“現代農業科研院所建設”中提出的“經過10年左右，建設世界一流農業科研院所”的目標與要求，研究所必須堅持“有所為、有所不為”的學科建設原則，進一步凝練學科方向，發揮優勢、集中力量、重點突破，最終用5-10年時間形成3-5個具有世界影響力的重點學科領域及研究方向。
    以植物營養與肥料學科領域建設為例。資源區劃所擁有國家土壤肥力與肥料效益監測站網、農業部植物營養與肥料重點實驗室、國家化肥質量監督檢驗中心、農業部微生物肥料和食用菌菌種質量監督檢驗測試中心，是中國植物營養與肥料學會掛靠單位。2005年，“主要作物硫鈣營養特性、機制與肥料高效施用技術”獲國家科學技術進步二等獎；2007 -2011年，主持了肥料領域首個973項目“肥料減施增效與農田可持續利用基礎研究”；“十一五”期間組織了3項與肥料使用相關的國家科技支撐項目。經過多年的積累，資源區劃所在肥料學科領域已具有一定的優勢，可以聯合全國學科力量，開展高水平研究。與此相比，國內其他單位如中國農業大學則在根際營養，中國科學院南京土壤研究所在氮素循環，中國科學院沈陽應用生態研究所和山東農業大學在緩控釋肥，南京農業大學在有機肥，華中農大在微量元素研究方面具有比較優勢。因此，研究所在植物營養與肥料領域的研究應該重點定位在高效施肥原理與方法、中量肥料元素，以及秸稈腐熟菌劑等新型肥料研發等方向，并加快植物營養分子生物學方面的研究步伐。
    總而言之，研究所一定要緊緊圍繞現代農業發展的國家戰略需求，好好把握“現代農業科研院所建設”的機遇和挑戰，進一步凝練學科領域和重點方向，為今后5-10年的跨越式發展選準戰略方向。