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    學科建設是世界一流現代農業科研院所建設的基礎戰略工程，是引領技術創新與全面綜合發展的主線，加強學科建設是明確科技創新發展方向和提升發展速度的有效途徑。“十二五”期間，我院將構建學科體系作為體制機制創新的切入點和建設發展規劃的基點，學科建設在促進院所科技發展中發揮了至關重要的指引作用。
    強化頂層設計，構建獨具特色的三級學科體系。圍繞國家重大需求和科技發展前沿，遵循農業科技發展規律，根據“一流現代院所”基本特征和建設要求，立足戰略定位、發展基礎和優勢特色，我院構建了以“學科集群－學科領域－研究方向”為框架的三級學科體系，形成了優勢特色學科、交叉學科、新興學科并存，應用基礎研究與理論創新、關鍵技術研究與成果培育、技術成果轉化與應用并重和協調發展的學科建設體系。三級學科體系獨具創新性、專向性和產業導向性等特征，體現了國家級農業科研院所的職能定位、學科特點與發展需求，成為全院科技創新發展的主導，從頂層設計上解決了各研究所科研方向分散重復的問題。學科建設以研究所為實施主體，以科研團隊為實施單元，通過人、財、物的優化配置，實現全院“一盤棋”布局。
    “五位一體”推進，在實踐中快速提升學科發展水平。我院認真調研分析了學科建設現狀與問題，梳理提出了推動學科建設與跨越發展的工作思路和重大舉措，不斷創新學科發展機制，推動學科、人才、平臺、項目、機制“五位一體”，真正實現各類科技資源圍繞優勢和特色學科聚集，不斷培強優勢學科，培優重點學科，培植新興學科，整體提升全院學科發展實力。自2013年起，我院以三級學科體系為主線頂層設計并啟動實施科技創新工程，各研究所根據全院整體的學科布局要求，不斷明晰學科發展定位，主動調整學科結構，認真凝練學科領域和研究方向，打破課題組的界限，按照研究方向對科研力量進行優化整合，組建了各具特色和優勢的學科團隊，瞄準國家戰略需求和農業科技發展趨勢確定了科研選題，為院所發展奠定了堅實的學科基礎。在學科體系框架下，謀劃院所學科力量的優化布局，新建了農業基因組研究和都市農業研究相關學科方向，通過在西部農業研究中心、黃河三角洲現代農業科學研究院等布局重點學科，逐漸進行學科力量的區域性調整和轉移。同時，我院大力加強學科發展戰略研究和學科評價工作，研究各學科發展形勢與需求、思路與目標、趨勢與前沿熱點、方向與任務，并建立了符合我院學科特點的評價方法，以學科集群和學科方向為單元，重點評價學科發展現狀、優勢與不足，提出發展對策和措施建議，促進提升學科發展水平。
    謀劃學科高地，進一步提升現代院所學科優勢。針對“十三五”基本建成世界一流院所的戰略目標，我院及時把握世界科技發展前沿，緊緊圍繞現代農業發展新形勢、新特點和新需求，謀劃提出了打造優勢學科高地和卓越團隊的發展戰略。立足院學科建設體系，通過學科帶頭人及團隊、研發方向、科研成果、學術交流、創新文化等要素的集成提升，建設若干“世界級農業科學中心”和“國家級農業科學技術中心”，使之成為重要學科領域的“領跑者”、新興學科方向的“開拓者”和服務產業需求的核心科技力量；打造一批“國際知名創新團隊”、“國內領先創新團隊”和“行業特色創新團隊”，使之成為“世界級農業科學中心”和“國家級農業科學技術中心”的核心支撐。通過學科高地建設，整體大幅提升我院的自主創新能力和核心競爭力，強有力引領現代農業發展。