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    2006年6月15日，科技部農村科技司杜占元司長一行5人到中國農業科學院，就農業生物技術進行了考察、調研。
    杜司長一行首先來到生物技術研究所。著名分子生物學家、中國工程院院士范云六研究員向杜司長一行詳細介紹了轉植酸酶基因玉米、轉ABP9基因水稻等研究進展。范院士課題組將具有自主知識產權的植酸酶基因通過轉化玉米，得到穩定遺傳、高效表達高活性植酸酶的轉基因玉米純合系，該成果居于國際領先水平；從玉米中克隆到具有自主知識產權、能夠大幅度提高轉基因植物對干旱、高鹽和低溫等多種逆境綜合抗性的bZIP類轉錄因子ABP9基因，已成功轉育并獲得了耐旱性和耐鹽性大幅度綜合提高、穩定遺傳的轉基因水稻純合株系。她希望國家在“十一五”期間，對富含高活性植酸酶玉米純系產業化前期的遺傳育種、轉ABP9基因超級稻、油菜、大豆、玉米以及生物質能抗逆育種材料創制等予以進一步支持。
    2005年度中國十大科技新聞人物、知名科學家郭三堆研究員匯報了轉基因三系雜交抗蟲棉研究進展。他們在國內外首次成功創建了高產量、高純度、高效率、大規模、低成本、直接應用的轉抗蟲基因三系雜交棉分子育種體系后，育成了抗性穩定、不育率和不育度達100%抗蟲不育系27個，恢復率100%抗蟲強恢復系7個，選配出一批增產顯著、抗蟲性強的新組合/品種，其中“銀棉２號”是通過國家審定的第一個轉雙價抗蟲基因的三系雜交棉新品種，該成果的廣泛應用，將相當于再造一個長江流域棉區。郭專家呼吁國家應繼續支持和加強三系雜交抗蟲棉研究，重點開展不育基因、恢復基因以及恢復加強基因研究，探索三系雜交遺傳分子基礎，培育適宜不同棉區的高產、優質、廣適三系雜交抗蟲棉新品種，建設相應的三系雜交抗蟲棉分子育種/繁種基地；以三系雜交抗蟲技術體系為平臺，創造新型種質資源，培育新型高產優質三系雜交抗蟲棉新品種（系）。
    水稻功能基因組學專家路鐵剛博士匯報了他們在水稻突變體庫構建及重要農藝性狀基因克隆方面的最新進展：創建了國際上最大的水稻T-DNA標簽突變體庫（12萬份），獲得了重要農藝性狀突變體5000余份、插入位點側翼序列5000余條，克隆了水稻重要功能基因10個（近20年來國際上已發表水稻功能基因總數僅50個）。路博士建議國家進一步加大對水稻突變體庫研究的支持力度，希望在未來3-5年內能夠克隆出產量、抗逆、優質、營養高效等重要農藝性狀基因50個以上。
    在生物反應器技術研究方面，知名863專家賈士榮研究員著重匯報了他們在國際上首次利用油菜油體表達體系高水平表達治療骨質疏松重要蛋白——鮭魚降鈣素（已獲得國家發明專利）的最新進展，該項成果居于國際領先水平，為今后利用植物生物反應器大規模生產降鈣素等醫用蛋白提供了良好的技術平臺。他建議“十一五”期間，國家應重視支持鮭魚降鈣素原料藥生產和預防骨質疏松的功能食品開發，開展轉基因油菜中目的蛋白表達檢測試紙條研制，利用建立的油菜油體表達體系技術平臺表達新的藥用蛋白等。
    微生物學科帶頭人林敏博士在匯報中說，他們在轉基因生物研究中不僅建立了極端污染環境生物降解微生物群落結構分析技術系統，克隆到草苷膦抗性相關功能基因4個，已申請國際PCT專利2項、美國專利1項，而且構建了新型高抗草甘膦轉基因煙草、棉花等植株，其中抗草甘膦轉基因棉花和油菜已進入生物安全評價的中間試驗階段，建議國家進一步加強新型除草劑基因資源發掘，開展抗草甘膦轉基因作物新品種培育與應用、抗草甘膦轉基因作物安全性評價等研究，以提高我國轉基因技術應用水平。
    工程微生物環境修復專家伍寧豐博士匯報了她的課題組在有機磷農藥降解酶制劑研究方面的成績，已篩選出可降解多種有機磷農藥細菌，成功克隆有機磷降解酶新基因，構建了國內外同類酶最高表達量的有機磷降解酶工程菌株，利用基因工程酵母菌生產有機磷降解酶的穩定發酵工藝已達中試水平，成果居于國際領先水平，并已成功轉讓并進入產業化階段。她建議“十一五”期間國家進一步加強篩選酶學性質更優越、具有自主知識產權的微生物環境修復新基因挖掘與應用研究。
    在作物科學研究所，杜占元司長一行首先聽取了973項目首席科學家賈繼增研究員在小麥核心種質及功能基因組研究方面的工作匯報。賈首席課題組在國際上率先成功構建小麥核心種質，培育出300份高產、優質、抗病、抗逆的新種質；從核心種質中鑒定出5個新的抗白粉病基因，克隆了小麥抗旱、抗鹽、品質等重要基因。他建議國家“十一五”應進一步支持小麥功能基因組學研究，開發高產、優質、抗逆基因，力爭實現小麥產量提高10%，損失降低10%，水、肥、農藥用量減少10%的長遠目標。
    國際知名水稻遺傳網絡和分子育種專家黎志康博士，介紹了他們在水稻遺傳網絡與定向育種方面的進展。他們發現了控制水稻抗白葉枯病防衛體系的遺傳網絡，揭示了水稻對白葉枯病的完全（質量）抗性與部分（數量）抗性的遺傳關系；建立了基于選擇導入系和分子標記的高效數量性狀位點，及其遺傳網絡檢測的復雜農藝性狀遺傳剖析理論和方法；建立和發展了應用分子標記、導入系發現和定位影響目標性狀基因/QTL原理與方法，使培育新品種的過程成為基因發現的過程。黎博士呼吁國家在“十一五”有關計劃和專項中設置重大課題，支持“全球水稻分子育種協作網”進一步開展“基于導入系的主要農作物分子設計聚合育種”研究，使我國的作物分子育種達到世界領先水平。
    在功能性水稻分子育種方面，長江學者萬建民博士匯報了課題組近年來取得的部分研究進展：已培育出適合腎臟病和糖尿病患者食用的低谷蛋白水稻新品種（已獲得專利），利用酯氧化酶突變體作為親本育成耐貯藏水稻新品系W017，獲得進行酯氧化酶突變基因資源篩選和后代鑒定技術專利。他建議國家在“十一五”期間多支持功能性蛋白、活性多糖、必需微量元素、功能性維生素等功能性水稻研究。
    小麥分子育種研究取得了新進展。馬有志博士在匯報小麥功能基因組、分子標記輔助育種研究工作時說，他們克隆了中間偃麥草抗小麥黃矮病基因Bdv2候選抗病基因和高抗多種病害中間偃麥草4類抗病信號傳導、調控基因RAR1、SGT1、NPR1、ERF1，并利用分子標記輔助選擇技術，選育出兼抗黃矮病、白粉病，兼抗白粉、條銹病，兼抗白粉、條銹、黃矮病的小麥新種質，應用分子育種技術已育成8個抗病、優質小麥新品種。建議國家進一步加強與小麥相關性狀緊密連鎖的分子標記的研發，應用分子育種技術選育新品種。
    青年玉米遺傳育種專家李新海博士匯報到：他們建立了基于基因組學和生物信息學發掘玉米重要性狀基因的技術體系，定位標記出抗玉米矮花葉病基因2個、抗絲黑穗病基因4個、抗粗縮病基因3個、耐旱基因2個；將我國400余份主要玉米自交系劃分為6個雜種優勢亞群和3個雜種優勢群，歸納出2個主要雜種優勢模式；建立了回交與標記選擇相結合的優質蛋白玉米和抗玉米矮花葉病基因育種技術體系，選育出CD3、CD7等優質蛋白玉米自交系和20余個優質高產玉米新品種。他建議國家在“十一五”期間重點支持玉米重要性狀新基因發掘、克隆和功能確證、玉米分子標記育種、玉米轉基因技術研究及應用，以提高我國玉米育種水平。
    近年來，我國在大豆優異基因發掘和分子育種研究取得較快進展。大豆育種專家邱麗娟博士課題組已經克隆了抗大豆胞囊線蟲病相關基因、耐鹽相關基因等多個大豆功能基因，并利用自主開發的大豆胞囊線蟲病（SCN）抗性基因SNPs標記，明確了我國抗性種質基因型分布特點；建立了分子標記輔助目標性狀和遺傳背景選擇的方法和程序，以及優異基因聚合的選育體系，培育出一批新種質和新品種。她建議“十一五”期間國家應進一步支持大豆重要性狀的功能基因/新型標記研究，完善高效基因型分子選擇技術體系，建立規模化大豆轉基因平臺，綜合集成常規方法與現代生物技術定向培育優質、高產、高抗、高效大豆新品種。
    在蔬菜花卉研究所，王曉武博士代表課題組，匯報了近年來率先開展蔬菜代謝組學和品質性狀分子育種的研究進展，以及參與“國際蕓薹屬基因組計劃”、與荷蘭瓦赫寧根大學共同開展“白菜微量營養成分的基因組學研究”等執行情況。他們建立了高效的大白菜、小白菜、蕪菁、甘藍、青花菜和花椰菜等小孢子培養體系，在雄性不育理論與應用研究方面取得了突破性進展；研究取得的蔬菜分子標記輔助育種技術已進入實用化階段。他建議國家在“十一五”期間應進一步支持蕓薹屬作物分子育種研究，利用擬南芥和蕓薹屬作物基因組測序成果、通過比較基因組和生物信息學手段，大規模開發高通量、低成本分子標記用于分子育種。
    在茄科作物功能基因組學和分子設計育種研究方面，黃三文博士匯報了“國際馬鈴薯基因組測序”等項目執行情況與進展：目前正在開展馬鈴薯第10、11號染色體測序，已成功克隆了世界上第三個抗晚疫病基因R3a；成功定位辣椒雄不育主效恢復基因，為恢復系轉育節省一倍時間；在番茄品質分子育種取得突破，育成品種使番茄紅素的含量提高了2/3；通過體細胞融合和小孢子培養，創造了茄子抗黃萎病新種質。他建議，國家在積極參與國際馬鈴薯基因組測序項目基礎上，應進一步支持和加強茄科作物基因組測序研究，構建馬鈴薯、番茄、辣椒和茄子的飽和突變體庫，重點篩選重要農藝性狀突變體，開展重要農藝性狀功能基因組學研究；構建全基因組分子設計育種平臺，利用同源轉基因（Cisgene）技術定向改良已有的優良品種和自交系。
    在農業資源與農業區劃研究所，杜司長一行聽取了環境微生物基因工程專家李俊博士的工作匯報。李博士課題組目前已經構建出具有快速分解秸稈和畜禽糞便功能、穩定協同共存、生態適應性強的復合菌系4個，并得到大面積示范，展示了良好的應用前景；成功構建出