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    “十一五”以來，在農業部、中國農科院的直接領導下，蘭州畜牧與獸藥研究所立足西部、面向全國、面向生產，堅持以科研為本，緊緊圍繞我國畜牧業生產中帶有全局性、前瞻性、關鍵性的重大科學與技術問題，積極開展畜牧、獸藥、中獸醫（獸醫）和草業等學科領域的基礎、應用基礎和開發研究，獲得了一批具有自主知識產權的重大科技成果，大力促進成果的轉化與推廣應用力度，為服務“三農”，推動我國現代畜牧業和地區經濟社會的全面發展作出了重要的貢獻。
    加強學科建設，提升創新能力
    研究所在深入調研的基礎上，認真分析，針對學科分散、創新乏力、部門重疊、效率低下等問題，實施了以整合學科、精簡機構和實行全員聘用制為主要內容的改革，將原來小而分散的近20個學科和12個研究室重組為畜牧、獸藥、獸醫、飼草4大學科，設置了畜牧、新獸藥工程、中獸醫（獸醫）、草業飼料4個研究室和1個動物毛皮及制品質檢中心，實現了研究所學科間的聯合，優化了科技資源。
    我國耕地面積逐年減少，食糧動物與人爭糧問題日趨嚴重，發展草食動物是解決這一問題的有效途徑，而青藏高原廣袤的草原是草食動物喜聚的場所。針對青藏高原牦牛生產性能低的狀況，蘭牧藥所利用野生牦牛改良當地牦牛取得重大突破，培育出中國獨有的本土動物遺傳資源的第一個國家級牦牛新品種“大通牦牛”。該品種具有肉用性能好、抗逆性強，體型外貌一致，遺傳性穩定等優良特征，產肉量比家牦牛高20%，產毛、產絨量高19%，繁殖率提高15%-20%。大通牦牛在牦牛產區得到廣泛推廣應用，每年改良家牦牛約30萬頭，覆蓋了我國75%的牦牛產區，對促進高寒地區少數民族聚集地，尤其是藏民族地區社會、經濟的發展產生了重要作用，取得了顯著的經濟效益，并于2007年獲得了國家科技進步二等獎。蘭牧藥所也成為了我國牦牛科研的中心。
    在獸藥研制方面，蘭牧藥所科研人員歷經20年研制成功中國第一個擁有自主知識產權的國家一類化學合成新獸藥“喹烯酮”，同時獲得原料藥和預混劑2個國家一類新獸藥證書。“喹烯酮”具有顯著的抗菌和促生長作用，可使畜禽增重15%-30%，降低腹瀉發病率50%-70%，無毒副作用，有望取代在國內大量使用的非國產獸用化學藥物“喹乙醇”。“喹烯酮”已被科技部、商務部、國家質檢總局、環保總局列為國家重點新產品，在國內建立了產業化基地，在包括全國34個省（市、區）畜牧生產上應用，取得經濟效益近30億元，具有廣闊的應用前景。該成果于2009年獲得了國家科技進步二等獎。
    “奶牛主要疾病綜合防控技術研究及開發”是蘭牧藥所“十五”、“十一五”主持執行的國家重點科技項目。經過近10年的研究，已經建立了10套奶牛主要疾病快速診斷技術，研制了6種治療乳房炎、子宮內膜炎、犢牛腹瀉、不發情藥、胎衣不下和寄生蟲病藥物，獲得了4個新獸藥證書；建立了奶牛安全用藥技術規范、奶牛主要疾病綜合防控技術規范、奶牛主要寄生蟲病防治和監控技術規范各1套；申報專利12項。該成果獲2010年甘肅省科技進步二等獎。
    隨著食品安全問題的日益突出，中獸藥以其低毒無殘留的特性引起了人們越來越多的重視。由中國農科院和美國中獸醫學會主辦，蘭牧藥所承辦的首屆中獸醫藥學國際學術研討會于2010年9月13-16日在蘭州舉行。來自美洲、歐洲、亞洲的180余位中外專家參加了此次會議。會議的舉辦，使中獸藥這一國粹在世界各地的畜牧生產中廣泛應用。
    夯實基礎，不斷加強科技創新條件與平臺建設
    科研基礎平臺條件落后是長期制約研究所科研發展的一個重要因素。近年來，蘭牧藥所充分把握機遇，積極申報各類科技平臺和基礎條件項目，著力加強研究所科技平臺條件建設。在重點實驗室申報、野外臺站建設、科研基礎設施改造、儀器設備購置、實驗室建設等方面得到了上級有關部門的大力支持。研究所先后投資6400多萬元完成了一批項目的建設和儀器的購置，對已有科研基礎設施進行了較大力度的改造升級和軟條件建設，初步改變了創新平臺條件先天不足的問題，使研究所的基本條件上了一個新臺階。
    研究所投資1000萬元建成“中獸藥GMP中試車間”，為獸藥研究和新獸藥成果轉化提供了良好的中試基地和科技產業化平臺，使獸藥生產由作坊式轉向了現代化GMP車間，生產條件邁向新水平；投資500萬元建設了1200M2的農業部蘭州黃土高原生態環境重點野外科學觀測試驗站科研觀測試驗樓，購置了19臺（件）科學觀測儀器設備，為野外臺站的基礎科學數據積累、數據共享和試驗研究提供了良好的技術平臺；投資352萬元擴建了50M2農業部動物毛皮及制品質量監督檢驗測試中心恒溫恒濕實驗室，購置了8臺（件）大型科研檢測儀器設備；投資250萬元建成了“SPF級標準化動物實驗房”，動物實驗實現了規范化、標準化，也標志著研究所在動物學試驗研究方面邁上了一個新臺階。
    “十一五”以來，蘭牧藥所先后建成中國農業科學院蘭州黃土高原生態環境野外科學觀測試驗站、中國農業科學院蘭州農業環境野外科學觀測試驗站、中國農業科學院張掖牧草及生態農業野外科學觀測試驗站、國家奶牛產業技術研發中心疾病控制研究室、中國農科院新獸藥工程研究室、甘肅省新獸藥工程重點實驗室、甘肅省中獸藥工程技術研究中心、中國農科院臨床獸醫學研究中心等研究平臺，為發揮重點學科與成果優勢、不斷加強科研工作和人才隊伍建設、提高科技創新能力起到了積極的促進作用。