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　　一、改革總體目標
　　通過優化結構、聯合重組、分流人員、轉變機制，將研究所建成學科設置合理、隊伍精干、創新能力強的新型畜牧科技創新國家隊。
　　二、改革的重點
　?。?）進行學科調整、機構重組和人員分流；（2）改革研究所內部人事管理制度和分配制度；（3）精簡管理人員，實行全員聘用制，加強任期考核和任期目標管理；（4）選拔和培育優秀學科帶頭人，發展在國內外有影響的優勢學科，提高畜牧科技創新水平，加快畜牧科技進步；（5）促進科技成果轉化，增強科技產業化發展能力。
為保障改革的順利實施，畜牧所在廣泛調查研究的基礎上，組織起草了《中國農業科學院畜牧研究所科技體制改革方案》和與之配套的8個管理辦法。這些辦法現已經全面實施。
　　三、職能部門設置
　　行政管理以轉變職能、精簡機構和人員、提高管理水平和工作效率為目標，對管理部門進行調整合并，撤消原有的4個職能部門，成立綜合處、科技處。調整后處級干部、管理人員均減少一半。
　　后勤服務中心、昌平基地按照事企分開原則，以面向科研、面向社會、增加生產經營服務項目、提高服務質量為目標，逐步實行自負盈虧、自我積累、自我發展的企業化管理。
　　四、科技創新
　　撤消了原有的5個研究室和1個分析中心，成立4個重點學科群，即：動物營養與飼料學、動物遺傳資源與育種、動物生物技術與繁殖和草業，每個學科群聘任一名首席科學家；將原有的33個課題組合并重組為18個沒有行政級別的研究室；組建分子生物學實驗室、畜牧信息中心、分析中心3個科技創新平臺。
科技創新崗位設置：固定崗位84個，流動崗位24個。
　　五、產業發展
　　將具有開發能力的課題組從研究崗位剝離出來，成立具有獨立法人資格的股份公司或有限責任公司。
　　科技創新崗位的人員不再從事生產、經營產品類的開發，其研究成果采用轉讓、委托、技術入股等方式交給畜牧所控股公司或以合作方式合作經營。
　　研究所的企業依照章程組建董事會、監事會。所對控股公司的管理由過去的事權關系轉為產權關系，以產權為紐帶，委任董事長并依據章程分配的名額委任董事、監事，并通過董事長、董事、監事對企業實施監管，實現管理體制上的事企分開。
　　研究所通過全資公司——中畜陽光科技公司對新成立的2--3個公司實行控股。通過提供統一品牌、統一生產許可證、統一財務服務進行監管。新成立的草業分公司畜牧所控股60％、職工控股40％，重組后的北京華谷生物營養科技發展有限公司畜牧所控股80％、職工控股20％。
　　六、人事制度和分配制度改革
　　在人事管理方面，根據“公開、公正、公平、競爭、擇優”的原則，全面實行聘任制。將過去分配上崗改為雙向選擇、競爭上崗，將身份管理改為崗位管理，把職工與單位的固定關系變為聘用關系。實行固定崗位與流動崗位相結合的用人制度。目前，各種崗位競聘上崗工作已全部完成。
　　在分配制度方面，貫徹責權利相統一的原則，改變工資構成和發放辦法，加大崗位工資、績效工資的構成比例，使工資與崗位職責、工作業績、經濟效益緊密相連；不斷增強分配上的公正性和激勵作用，逐步建立起重業績、重貢獻、重管理和向重點崗位、優秀人才傾斜的分配激勵機制。改革后，職工崗位、績效工資的比重已超過全部工資的50%。今后隨著改革的深入，崗位和績效工資比例還會進一步加大。