中國農業科學院鄭州果樹研究所利用創新工程的穩定支持，通過機制創新、資源整合，開展了大量以前想干而沒有干成的事，各項工作取得突破性進展。2017年，科研產出提高40%，成果轉化收入提高30%，職工收入增長30%。
1.目標引領。根據創新工程的總體要求，提出了研究所到2020年和2035年的發展目標。2020年要實現“雙創雙中”，即創新能力和創收能力顯著提升，科研實力和職工收入達到全院中等水平。2035年基本達到“兩個一流”，保證我國果樹瓜類產業基本實現優質高效供給，從而滿足人民日益增長的美好生活需要和優美生態環境需要。
2.重點突出。明確了科技、產業以及國家3個層次需求，確立了以蘋果、梨、桃、葡萄、獼猴桃、石榴、核桃、櫻桃、草莓等和西瓜、甜瓜等為重點研究對象，圍繞“優質、安全、簡約、多樣、高效”的科技主攻方向，開展應用和應用基礎研究，著力解決我國果樹瓜類產業發展中基礎性、戰略性、全局性、關鍵性、前瞻性重大科技問題。
3.機制創新。提出建立民主開放辦所機制，加強機關作風建設和創新文化建設。營造“凡事有交代、件件有著落、事事有回音”的“三有”作風，塑造“敢與強的比、敢向高的攀、敢同大的爭、敢跟快的賽”和“說盡千言萬語、走遍千山萬水、想盡千方百計、歷盡千辛萬苦”（簡稱“四敢四千”）的“鄭果所精神”。實施36項重大改革措施，涵蓋整合資源、協同創新、強化激勵、保障權益、權力下放、系統推進的各個方面。
4.制度建設。建設現代農業科研院所制度，先后制定完善22項制度和管理辦法?？蒲挟a出獎勵辦法大幅度提高科技創新獎勵力度，科技成果轉化實施辦法將團隊和個人成果轉化收益提高到70%，職工績效獎勵提高6倍多。
5.學科建設。進一步優化調整原有學科體系，提出以種質資源為基礎，以品種培育為核心，以栽培植保為支撐，以貯藏加工為拓展，以質量檢測、風險評估和科技信息為保障的全鏈條學科布局。重點支持缺乏穩定項目支持、缺少人才支撐的栽培植保學科建設。鼓勵探索新興學科和交叉學科，推動互聯網、大數據、人工智能和果業深度融合。
6.團隊建設。不斷優化團隊結構，最大限度發揮好人才資源優勢。重組科研單元，按照團隊整合課題組，調整研究中心。調整職能機構，科研管理處獨立，加強創新工程管理，新增成果轉化處和人事處。加強人才培養，新增中原學者1名，柔性引進國外知名專家2名，入選院級科研英才2名，培育所級青年英才4名。啟動青年育種人才工程，首批遴選8名。實施中層干部競爭上崗，提拔年輕處級干部14人。
7.基地建設。實施“10+100 科研試驗基地二級布局”的規劃。即在主產區謀劃布局10個左右試驗站，包括所本部和新鄉試驗站，啟動建設靈寶蘋果試驗站、寧陵酥梨試驗站、山東沂南試驗站，推進西部中心和西南中心試驗站，完成西藏林芝、新疆南疆、深圳瓜類和海南瓜類試驗站的布局，競爭建站、規范掛牌；在全國主產區謀劃布局100個左右高水平成果示范基地，現已完成了近40個示范基地。
8.國際合作。推動開展長期穩定的國際合作。在中亞、中東歐、南亞以及非洲等果樹瓜類起源地區建立了穩定合作伙伴關系，加強了種質資源收集引進；推動與國際一流科研院所合作，引進先進技術和智力資源，推動青年科學家出國培養，深化科技合作研究，提升研究所基礎研究水平；實施國際植物新品種權申請，讓新品種自信地“走出去”。2017年，建立了“中—保果樹生物學聯合實驗室”，中國中東歐國家（16+1）農業示范園首個聯合實驗室正式啟動，“桃砧木無性繁殖技術與工廠化育苗”國家引智基地正式掛牌。
9.科技創新。重點加強公益性、長期性、原創性、前瞻性、顛覆性科研工作。根據國內外果樹瓜類科技發展需求，提出創制新種質、挖掘新基因、培育新品種、創建新技術、研發新產品等5大根本創新任務。利用協同創新，成立蘋果協同創新中心和國家獼猴桃科技創新聯盟，確立行業領頭雁地位。開展了蘋果、梨、桃、葡萄、西瓜、甜瓜綠色提質增效技術集成示范，為國家重點研發項目啟動做好儲備。上述措施促進研究所創新能力明顯提升，創新活力大幅增強，創新效率顯著提高。
10.成果轉化。在科技成果轉化上集中優勢兵力合力出擊。創新成果轉化模式，提出“科研機構+地方政府+龍頭企業+基層農戶”四位一體轉化模式,解決成果轉化最后一公里難題。成功舉辦百項新成果推介會，推介新成果114項，簽定長期科技合作協議資金8435萬元。實施三級區域發展布局，加大力度支持革命老區、民族地區、邊疆地區、貧困地區發展林果業，實現科技精準脫貧。重點在中西部瓜果主產區推廣新品種、新技術和新產品，服務果業發展，實現綠色提質增效。強化服務東部地區優質、高效、高附加值果品生產，實現高端創新引領。
實施創新工程以來，研究所年均科研產出較“十二五”提高1.5倍，年均成果轉化收入提高15%。3年來，獲得國家自然科學基金項目13項，較3年前，增加85.7%；獲得省部級以上獎勵11項，增加83%；審定（認定、登記）果樹瓜類新品種58個，增加66%；果樹瓜類新品種保護授權17個；專利授權35項，增加169%；發表SCI論文46篇，增長130%，高影響因子（IF>3）論文 10篇（其中IF>10的SCI論文2篇，全國共計6篇），單篇最高影響因子為11.16；發表中文核心期刊論文217篇，增長106%。出版著作31部，增長138%。
保存種質資源突破1萬份，建成了亞洲最大的果樹瓜類種質資源庫（圃）；首次同時從轉錄水平、轉錄后調節和翻譯水平揭示了葡萄葉片響應高溫的機制；中油蟠7號、中油蟠9號實現油蟠桃品種的突破；耐儲運中早熟葡萄品種“紅艷無核”彌補了我國8月上旬紅色無核大粒品種的空白；建立基于有害生物防治指標的蘋果綠色防控技術體系，蘋果示范園化學農藥減少33.1%。
