2006年9月18日，教育在線網登載了中國管理科學研究院武書連、呂嘉、郭石林的《2006中國大學研究生院評價》。國內18所一流研究生院排名結果分曉，中國農科院研究生院以農學第一名連續五年蟬聯中國一流研究生院。文章內容摘錄如下：
“2006年度中國一流研究生院的標準與上三年相同，即：在中國研究生院評價中，獲得工學前7名、理學前4名、醫學前3名，農學前2名、管理學前3名、文學前3名、經濟學前2名、法學前2名、歷史學、教育學、哲學第1名的研究生院。中國一流研究生院各學科的入選數量根據各學科門的博士生導師數量和開設該學科的院校數量確定。”
“中國一流研究生院總數由上年的17所上升到今年的18所。在眾多的科研機構中，中國科學院研究生院、中國農業科學院研究生院、中國醫學科學院研究生院、中國社會科學院研究生院占有重要的位置，分別是理農醫和人文社科的第一名。就高校和科研單位而言，一方面，高等學校因大量招收研究生，導致合格師資數量不足，導師用于指導研究生的時間太少。另一方面，我國的科研機構擁有眾多合格師資，但每年的招生名額卻比較少。因此，應充分挖掘社會稀缺的優質師資的潛力，加大科研單位招收研究生的數量，盡快使科研單位合資格師資人均指導研究生的數量與高等學校相同?！?BR> 文章指出“最近幾年這些著名科研機構的研究生教育與大學相比所占分量逐年減少。一個突出的例證是以前公認的醫學第一名中國醫學科學院(中國協和醫科大學)的醫學已經落后于北京大學。另外，中國農業科學院在農學中的領先優勢也在逐漸喪失。上年的法學第二名中國社會科學院被中國人民大學取代。只有中國科學院依然保持強勁的發展趨勢?！睋私?，我院在各項指標評估中主要是在國內外發表文章數量不多，尤其是在SCI上發表文章數量遠遠落后于中國農大。一方面是因為我們招收的研究生數量少，另一方面，中國農大對博士生必須在SCI上發表文章才能畢業有硬性要求，而我院對此沒有明確規定。我院主要優勢在科研成果和專利方面。如何提高我院論文發表數量和水平，還需全院科技人員和研究生的共同努力。
2006中國一流研究生院名單見下表。
中國一流研究生院名單(共18所)
《中國大學評價》課題組認為，通常情況下，在科研單位就讀研究生，不僅能得到導師更多時間的指導，而且由于科研單位生師比較低，又沒有本科教學工作量，導師和學生都可以全力投入科學研究，與大學相比較，更容易出成果。因此建議考生，雖然科研機構在研究生教育中的比重不高，但上述優勢短期難以改變，如果有條件，應考慮到科研單位就讀研究生。
