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一、指導(dǎo)思想
按照非營利性科研機構(gòu)的改革方向，以轉(zhuǎn)換機制為重點，優(yōu)化科技資源、整合科技優(yōu)勢，提升創(chuàng)新能力，將研究所建成國際一流的棉花科技創(chuàng)新中心和科技產(chǎn)業(yè)發(fā)展中心。
二、工作思路
突出科技創(chuàng)新、機制創(chuàng)新與管理創(chuàng)新，建立高水平的科技創(chuàng)新隊伍和“開放、流動、競爭、協(xié)作”的運作機制；堅持以人為本，優(yōu)化人才結(jié)構(gòu)，強化崗位功能，變身份管理為崗位管理，建立新型的約束激勵和分配機制。
三、機構(gòu)設(shè)置
1、管理機構(gòu)。按照“精干、協(xié)作、高效”的創(chuàng)新管理隊伍建設(shè)目標(biāo)，進一步合并職能、重組機構(gòu)、精簡人員、增強效能，壓縮、調(diào)整職能管理部門。繼續(xù)推行全員聘任制，加強崗位管理，逐步建立起“按崗位定酬、按任務(wù)定酬、按業(yè)績?nèi)〕辍?，重業(yè)績、重貢獻的分配機制。
2、創(chuàng)新中心。重點從事棉花品種資源、生物技術(shù)、遺傳育種、耕作栽培、植物保護、區(qū)域試驗、品質(zhì)檢測和文獻信息等領(lǐng)域的研究。確定創(chuàng)新中心的固定崗位為112人、流動崗位32人、管理崗位16人。
3、產(chǎn)業(yè)開發(fā)。按照現(xiàn)代企業(yè)制度，改制科技貿(mào)易公司；通過多元化投資，組建有限責(zé)任公司；通過合資融資，組建并合理布局區(qū)域合資公司，理順現(xiàn)有7個合資公司的關(guān)系；組建“產(chǎn)研貿(mào)一體化”的科技先導(dǎo)型龍頭企業(yè)——中棉種業(yè)(集團)公司，爭取早日上市。目前，公司和實體內(nèi)的在崗人員為140人，另有部分人員將充實到產(chǎn)業(yè)開發(fā)部門。
4、后勤服務(wù)。通過重新整合，組建后勤服務(wù)中心，實行聘任制、有償服務(wù)、獨立核算。目前，在后勤服務(wù)中心各部門的在職人員74人，另有部分人員將充實到后勤服務(wù)中心。
四、改革實施步驟
2002年12月～2003年1月，傳達上級改革精神，做好宣傳動員。
2003年1月～2003年2月，起草初步方案，提交所職代會審議通過后上報。
2003年3月～2004年9月，重點實施階段。主要完成科技創(chuàng)新中心學(xué)科與創(chuàng)新崗位設(shè)置、管理機構(gòu)與崗位設(shè)置；制定產(chǎn)業(yè)開發(fā)改革方案；成立后勤服務(wù)中心，并完成相關(guān)崗位人員招聘。
2004年10月，總結(jié)改革工作與試運行情況，完善有關(guān)管理辦法。
2004年11月～2004年12月，申請評估驗收。