黃瓜是重要經濟作物。黃瓜基因組中有近30 %的區域是由核糖體DNA和微衛星等復雜重復序列組成的，這個比例遠高于水稻、玉米和西瓜等作物。近日，中國農業科學院蔬菜花卉研究所葫蘆科蔬菜遺傳育種創新團隊首次完成接近完整的黃瓜參考基因組組裝和基因注釋，搭建了第一個黃瓜多組學綜合數據庫。
圖注：黃瓜首個多組數據庫助力分子育種
據介紹，由于受測序技術及組裝方法的限制，目前廣泛使用的華北密刺型黃瓜自交系“9930”參考基因組仍然有大量未知序列和72個缺口，嚴重影響基因注釋的準確度，黃瓜參考基因組質量亟待提高。
該研究首次獲得了僅剩1個缺口的黃瓜參考基因組完成圖，構建了接近完整的黃瓜參考轉錄本數據集，完整度達99.19%，并搭建了第一個黃瓜多組學數據，為黃瓜功能基因組學和分子育種研究提供全面的共享平臺。
該研究得到蔬菜生物育種全國重點實驗室、國家重點研發計劃、中國農業科學院科技創新工程等項目的資助。相關研究成果發表在《分子植物（Molecular Plant）》上。
