近日，全球首個(gè)作物黃萎病菌資源和基因組數(shù)據(jù)庫搭建成功并正式上線。
該數(shù)據(jù)庫由中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院植物保護(hù)研究所作物黃萎病研究團(tuán)隊(duì)與美國(guó)加州大學(xué)戴維斯分校聯(lián)合完成，用戶可在該網(wǎng)站查閱收錄的菌種資源信息、測(cè)序基因組可視化展示、數(shù)據(jù)挖掘和分析等工作。
據(jù)中國(guó)農(nóng)科院植保所戴小楓研究員介紹，作物黃萎病是一種危害植物種類極多的真菌性疾病，其主要病原為大麗輪枝菌，根據(jù)目前的研究和調(diào)查，它可以侵染38科660種植物，包括棉花、馬鈴薯、向日葵、茄子、番茄、黃秋葵等農(nóng)作物。在全球，每年都會(huì)造成近百億美元的損失，在我國(guó)，它最主要的危害對(duì)象是棉花和馬鈴薯，在過去，大麗輪枝菌的侵染一直都難以預(yù)防，其主要原因是種群結(jié)構(gòu)復(fù)雜，農(nóng)業(yè)生產(chǎn)實(shí)踐中缺少分子流行檢測(cè)技術(shù)。
馬鈴薯黃萎病。中國(guó)農(nóng)科院供圖
向日葵黃萎病。中國(guó)農(nóng)科院供圖
棉花黃萎病。中國(guó)農(nóng)科院供圖
針對(duì)這一難題，中國(guó)農(nóng)科院植保所作物黃萎病團(tuán)隊(duì)，聯(lián)合國(guó)內(nèi)外16家單位，展開協(xié)同攻關(guān)，構(gòu)建了迄今為止來源最豐富的菌種資源庫，發(fā)起了“全球黃萎病菌基因組研究”計(jì)劃。
團(tuán)隊(duì)現(xiàn)已完成了基因組解析工作，包括全基因組159株、重測(cè)序3624株，搭建了數(shù)據(jù)庫1.0版本，并開始線上運(yùn)行。
該數(shù)據(jù)庫收錄了來自10個(gè)國(guó)家26個(gè)寄主共8102份黃萎病菌菌種資源；釋放了159個(gè)大麗輪枝菌全基因組數(shù)據(jù)，占目前全球已釋放大麗輪枝菌基因組總數(shù)的85%。同時(shí)，團(tuán)隊(duì)還搭建了基因組可視化、基因功能檢索、基因比對(duì)等分析平臺(tái)。
目前，該團(tuán)隊(duì)還在進(jìn)一步搭建數(shù)據(jù)庫2.0版本，主要展示全球大麗輪枝菌遺傳變異組數(shù)據(jù)。
該研究得到國(guó)家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃政府間國(guó)際科技創(chuàng)新合作重點(diǎn)專項(xiàng)、中國(guó)農(nóng)科院科技創(chuàng)新工程等項(xiàng)目支持。
