“更多領域的研究者們在不斷加入科研中,智慧育種的未來并不遙遠?!?/span>
9月15日,豐收節(jié)前夕,新一輪的南繁即將開啟。海南三亞,中國農業(yè)科學院國家南繁研究院,即將落成的作物基因編輯與表型鑒定創(chuàng)新中心外,作物表型組學研究團隊首席金秀良握著遙控器,再一次調試設備。
5.7米高,21米寬的鋼架,橫跨在金色的稻田中,仿佛一個小型的“龍門吊”,稻田四周布設的軌道,可以讓鋼架在田間自由移動,這是我國目前最專業(yè)、技術含量最高的田間“高通量植物表型平臺”,可以搭載十多種監(jiān)測儀器,監(jiān)測植物從播種到收獲全周期的表型數(shù)據(jù)。
“這個設備的安裝已經差不多到尾聲了,調試期間,還需要遙控器,正式運行后,就可以在電腦上一鍵操作了?!苯鹦懔颊f。
9月15日,海南三亞中國農科院南繁研究院,正在安裝調試的“高通量植物表型平臺”。新京報記者 周懷宗 攝
育種的基礎,先觀察作物生長狀況
“表型”,一個讓普通人似懂非懂的詞,它是一個生物可以被觀察或鑒定的所有特征,比如人的身高、血型,植物的株高、顏色等。
在農業(yè)育種中,鑒定表型是最基礎的工作,所有的育種家們,都要從田間觀察一株苗開始,記錄它們的每一個特征,植株高矮、莖稈粗細、節(jié)間長短、產量高低等,通過漫長的時間,在田間千萬個植株中,選擇各自最需要的那一株。
9月的三亞,即將迎來新一季南繁的高峰,來自全國各地的育種家們,即將帶著他們的種子,匯聚到這里,在海南溫暖的氣候下,加代種植。
很少有人了解,在這里有一群打破了“候鳥”式育種的南繁人,他們來自中國農科院的各個研究所,有多年從事育種的科學家,也有剛剛進入科學領域的研究生,他們常年在三亞的試驗田和實驗室中,做著最基礎的研究,推動著南繁育種的技術模式和育種方式的不斷更新。
“育種是一件極其繁雜、漫長的工作,作為育種的基礎,表型鑒定也同樣存在這樣的問題?!苯鹦懔冀榻B,“比如穗數(shù)、穗粒數(shù)等,是作物產量的重要指標,過去怎么得到這些數(shù)據(jù)呢?需要等到收獲之后,育種家們拿回去,一項項測量,大量的實驗材料,可能需要兩到三個月才能夠得到數(shù)據(jù),所以更多時候,育種家們不但要自己干,還要雇工人幫助一起干?!?/p>
9月15日,金秀良在“高通量植物表型平臺”下介紹,新建的設備可以全天候全周期監(jiān)測作物生長和周邊環(huán)境。新京報記者 周懷宗 攝
有沒有一種方法,可以讓育種家們最快、最準確地得到他們需要的數(shù)據(jù)呢?
新技術的發(fā)展為他們帶來了改變現(xiàn)狀的契機。
“我們現(xiàn)在做的工作,可以稱為智慧育種,核心之一就是表型組學,此外還有基因組選擇、大數(shù)據(jù)算法等?!苯鹦懔冀榻B,他身邊正在安裝調試的“高通量植物表型平臺”就是智慧育種的重要工具,“它可以搭載激光雷達、高光譜相機、深度相機、各種傳感器,大約有十多種監(jiān)測設備,從作物種植到收獲,全周期全天候監(jiān)測作物生長情況,實時獲得倒伏性狀、抗旱性狀、抗病性狀等數(shù)十個指標數(shù)據(jù),效率遠超人工,還可以做到人做不到的事情,比如搭載多光譜傳感器,就可以收集到人眼不可能觀察到的性狀。”
科技的時代,育種成為綜合學科
分子生物學、基因組學、大數(shù)據(jù)、人工智能……越來越多的科技成果在不斷進入育種領域。育種家們的試驗田中,不再只有農作物,還多了各種高科技的設備。
類似于“龍門吊”的“高通量植物表型平臺”,可以實時監(jiān)測1000多份實驗材料的數(shù)十種數(shù)據(jù),同時配合安置在田間的監(jiān)測設備,還可以同步監(jiān)測溫度、濕度、病蟲害發(fā)生情況,乃至監(jiān)測到地表之下的土壤結構變化,還有無人機影像、衛(wèi)星遙感影像等。
“智慧育種中,作物被一個覆蓋天空地的監(jiān)測系統(tǒng)進行全生命周期的監(jiān)測,這為育種帶來了更多可靠和翔實的數(shù)據(jù),同時極大地減少了人工投入?!苯鹦懔颊f,比如穗粒數(shù),一張照片就解決了,機器深度學習之下,還可以得到許多動態(tài)發(fā)育中的數(shù)據(jù),比如種子灌漿速率的變化,這是以前依靠人力不可能做到的。
9月15日,中國農業(yè)科學院南繁研究院科研人員正在介紹智慧育種相關情況。新京報記者 周懷宗 攝
天空地全程監(jiān)測的數(shù)據(jù),如何幫助育種家們進行選擇?大量的數(shù)據(jù)如何處理?就在新建成的南繁院中,來自大數(shù)據(jù)智能設計育種團隊的一群年輕人,正在為這些數(shù)據(jù)設計算法和模型?!巴ㄟ^開發(fā)數(shù)量遺傳算法,幫助育種家們在眾多的表型數(shù)據(jù)中,挖掘出有價值的遺傳材料資源,通過大數(shù)據(jù)和人工智能結合,還可以幫助育種家們預測后代的表型,以此為參照,進行育種方案的設計?!眻F隊成員何坤輝介紹,“簡單來說,就像是一個解方程的過程,有現(xiàn)成的方程式,我們把海量的數(shù)據(jù)代入,包括作物本身數(shù)據(jù),環(huán)境數(shù)據(jù)等,以此計算出結果,在眾多的結果中分析尋找最好的那一種可能?!?/p>
團隊的另外一名成員陳守坤告訴記者,他所在的團隊,集合了育種、分子生物學、計算機等多個專業(yè)的人才,是一個多學科交叉的團隊,“就和我們團隊一樣,智慧育種的時代,育種本身就已經成為了一個多學科交叉的領域?!?/p>
南繁的硅谷,高科技正盛裝登場
2015年,中國農科院棉花研究所副研究員劉記開始了他的南繁生涯,南繁是我國育種領域中重要的一環(huán),利用海南的熱帶氣候特征,在冬季多種一季,加快育種速度。
南繁多年,劉記在這里度過了絕大部分時間,和農田、數(shù)據(jù)、實驗室為伴,從事分子育種的劉記,經歷了近年來育種科技的飛速變化。“今天的育種,和過去已經完全不一樣了?!?/p>
隨著現(xiàn)代科技的發(fā)展,海南三亞越來越成為我國育種科技的重地,2022年,中國農科院南繁院開始建設,開啟了南繁工作實體化的進程。
中國農科院南繁院院長彭軍介紹,中國農科院的科學家們,從1959年開始在海南加代育種,半個多世紀以來,在這里建立了12個育種基地,有1000多位育種家們,常年駐扎三亞,在三亞播下一季又一季的種子。
中國農科院南繁研究院院長彭軍介紹,和候鳥式的南繁不同,南繁研究院有數(shù)百位科研人員和學生,常年駐扎在海南,進行育種相關的工作。新京報記者 周懷宗 攝
最早開始建設的是表型基地,“表型鑒定是育種的前置條件,表型基地則是生物育種中的重大設施?!迸碥娊榻B,除了配套500畝大田之外,表型基地最主要的設施是兩棟實驗大樓,大樓中大部分都是實驗室,15個創(chuàng)新團隊常年駐扎在這里,60多位博士后、近300位研究生在這里學習和實驗。
在彭軍的設想中,這座位于三亞的南繁研究院,最終將成為“南繁硅谷”一樣的地方,這里將集合最頂尖的團隊,落地最頂尖的技術,成為未來智慧育種的孵化平臺。
“南繁院有三大任務,也可以看作是三期建設,第一是表型設施,配套有一流的作物表型鑒定、基因編輯儀器設備,目前已經接近尾聲,即將交付,開始安裝和調適設備?!迸碥娊榻B,“表型設施之外,南繁院還有種業(yè)創(chuàng)新和生物安全兩大任務,也會陸續(xù)建設專用實驗大樓。但同時,這些工作也一直在開展,比如生物安全方面,南繁院已經完成了農業(yè)農村部果品及苗木質量監(jiān)督檢驗測試中心等12個功能平臺的入駐,還為當?shù)仄髽I(yè)提供芒果品質及農藥殘留技術檢測等方面的服務。”
未來的育種,傳感器遍布在田間
從人工選育到智慧育種,追求更高產量、更好品質、更強適應性的品種,一直都是育種家們的目標,但育種的方式在不斷進步。
在表型鑒定創(chuàng)新中心,一個20多人的“智慧化數(shù)字化南繁技術團隊”,正在進行農業(yè)信息化的研究,這是一個年輕的團隊,他們更習慣于使用各種新的設備和技術,去改變傳統(tǒng)的育種方式。團隊成員賀子康介紹,他們開發(fā)了一套覆蓋天地空的物聯(lián)網感知與智慧管理系統(tǒng),可以實時對農田進行環(huán)境監(jiān)測和分析,“比如蟲情監(jiān)測,過去依靠人力采取,人到地里去拍攝,拿回來分析,至少要一天,但通過我們的物聯(lián)網系統(tǒng),一張實時的照片傳到后方,很短的時間內,人工智能就可以通過算法進行分析和判斷,并給出參考結論。”
高通量植物表型平臺,可以搭載十多種不同的監(jiān)測設備,比人工更高效、更準確。新京報記者 周懷宗 攝
在不遠的未來,這可能成為育種家們工作的常態(tài),甚至可能進入到普通的農業(yè)科研和農業(yè)生產中。
今年剛剛考入中國農科院的研究生趙鴻鑫介紹,他入學的第一個課題,就是在田間布設傳感器,這些傳感器可以實時采集作物的表型信息,并將信息傳輸?shù)胶蠓剑ㄟ^算法,由人工智能進行分析和預判,“布設在地里的傳感器,有多種類型的,比如氣象站、蟲情監(jiān)測儀、高清攝像頭、孢子監(jiān)測儀等,可以全方位地監(jiān)測農田的變化,而在過去,這些都需要人每天去觀察?!?/p>
在海南三亞,還有許多年輕人,在做著和他們相類似的工作。陳守坤介紹,他所在的團隊有二十多人,平均年齡只有25歲左右,和傳統(tǒng)的育種家們相比,他們更善于接受和利用新的技術和知識,并以此一點一點地改變著育種模式。
新技術應用,三十分鐘處理數(shù)據(jù)
中國是農業(yè)大國,也是種業(yè)大國,2022年11月發(fā)布的《中國農業(yè)科技論文與專利全球競爭力分析》顯示,中國是全球最大的農業(yè)專利產出貢獻國,并以平均每年18.92%的高增長率逐年增長。
更多領域的研究者們在不斷加入科研中,智慧育種的未來并不遙遠。
金秀良告訴記者,新技術帶來的變化正在進入不同的應用場景,“比如表型鑒定中的株高調查,作物的株高和抗倒伏性狀有關,在過去,育種家們要到田地,一株一株測量株高,數(shù)百個地塊中的測量,是一件艱巨而復雜的工作,但通過田間無人機拍攝,可以一次性獲得整個小區(qū)域的數(shù)據(jù),比人工快四到五倍,而且更準確。我們目前已經開發(fā)了相應的軟硬件,2023年為北京、陜西的育種企業(yè)提供了相應的技術服務,拍張照片,上傳到手機APP,30分鐘左右就能轉化成相應的數(shù)據(jù)。”
9月15日,中國農科院南繁院表型基地。新京報記者 周懷宗 攝
在室內實驗室中,新的傳感器技術可以做到更多人力難以做到的事情,金秀良介紹,“比如一盆實驗作物,通過傳感器進行360度掃描,就可以得到這株作物的三維圖像,以及相關的形狀數(shù)據(jù),只要定期掃描,就可以實時更新這些數(shù)據(jù)。在育種中,實驗室培育同樣是重要的一環(huán),而這種高通量的數(shù)據(jù)采集,可以極大地提高實驗數(shù)據(jù)采集的效率?!?/p>
在更多人眼無法觀測的微觀領域,智慧育種技術正在發(fā)揮著更重要的作用,“比如基因組配對,我們要選擇那些親本去雜交,才能得到更符合預期的后代?過去依靠的是人的經驗,但人工智能配合基因組學,就可以在基因層面作出選擇,不僅能幫助育種家篩選出最合適的配對,同時還可以預判雜交后的后代,適合在什么區(qū)域種植,而在過去,這樣的適應性試驗,要在不同的區(qū)域進行長時間的種植才能完成。”