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采用多組學大數據分析
[工人日報]我科學家找回丟失的番茄美味
發布時間:2018-01-19
|來源: 《工人日報》2018年01月19日|作者:黃哲雯
本報訊 中國農科院深圳農業基因組研究所黃三文研究員領銜的科研團隊,首次采用基因組、轉錄組、代謝組等多組學大數據分析,揭示了番茄在馴化和育種過程中營養和風味物質發生的變化,及其調控位點,為番茄果實風味、營養物質的遺傳調控和全基因組設計育種提供了路線圖。相關科研論文發表在最新一期的國際知名生命科學期刊《細胞》上。
番茄是世界第一大果蔬作物,因其富含抗氧化的番茄紅素、多種維生素和礦物質等,且具有低熱量優勢,是最具價值的果實。世界糧農組織統計顯示,全球每年番茄總產值接近1000億美元;而在國際種業市場上,高端優質番茄的種子價格甚至超過黃金。
自2004年起,黃三文帶領科研團隊參與番茄基因組測序任務。經過10余年的潛心研究,他們廣泛收集了全球600多份不同類型的番茄種質資源,并開展了基因組、轉錄組、代謝組等多組學分析,產生了約7Tb的原始序列數據,數據分析獲得了2600萬個基因組變異位點、3萬多個基因的表達量和980種果實代謝物的群體多組學數據,構建了全球最大園藝作物組學數據庫。同時,利用基因組學技術闡明了番茄從野生番茄成大果栽培番茄的人工馴化過程,發現了現代番茄風味丟失的基因調控機制,并發現了控制番茄風味的多個調控路徑,為更為營養美味番茄的設計育種提供了路線圖。(黃文)
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