進入21世紀后，全國共有1700多個大豆新品種通過國家和省級審定。全國各地大豆高產示范田均實現了畝產180-200公斤的產量，黃淮海多次出現實收畝產超過300公斤的高產典型，最高產量達到349.2公斤。南方地區也培育了一批適宜間套作種植的大豆新品種和鮮食大豆品種，西北灌區的中黃35創造了畝產421.37公斤的我國大豆單產最高紀錄。
大豆分子標記輔助育種技術研究方面，已挖掘出一批與生育期、蛋白質含量、脂肪含量、抗病蟲性、抗旱耐淹性、抗倒伏、莢粒數等相關的性狀位點（QTL），在大豆結莢習性、耐鹽耐旱基因克隆、養分高效利用研究方面，獲得了一批在世界上居于領先地位的成果。
