中國水稻研究所堅持把加強經費管理，特別是科研經費管理，作為加強黨風廉政建設的重要載體和抓手，將經費管理納入黨風廉政建設全局中謀劃和推進，促進全所干部職工自覺遵守廉潔自律各項規定，堅持依法理財，規范財務管理，積極探索新形勢下加強科研單位黨風廉政建設的有效途徑。
加強對廣大科研人員財經紀律與財務制度的宣傳教育，構筑科研經費安全的思想防線。該所在網站刊登財務規章制度以及組織參觀廉潔自律警示教育展覽等，并多次在大會上專門安排財務人員專題宣講財政專項資金的管理辦法以及具體開支規定，提高了廣大科研人員遵守財經法規紀律、自覺加強科研經費監管的意識。
先后制（修）訂了《中國水稻研究所財務管理辦法》、《中國水稻研究所基本建設財務管理辦法》等一系列內部財務規章制度，加強經費管理制度建設，夯實科研經費安全的制度基礎。該所大力推進基本建設項目資金管理，完善了“用制度管權、按制度辦事、靠制度管人”的監督服務管理體系。層層落實監管責任，把重要領域、關鍵崗位和關鍵環節的管理作為突破口和著力點，建立健全各項管理制度。在年度考核述職中，明確規定必須報告黨風廉政建設情況，對“小金庫”專項治理自查中發現的問題均按要求在自查自糾階段完成了整改。
為了完善科研經費管理防控機制，水稻所堅持集體決策，資金管理實行逐級審批，規定重要的或一定金額以上的財務事項都必須經所長辦公會議集體研究決定，對于各類費用起點金額以下的財務事項則實行授權范圍內逐級審批制度。該所還完善財務內部控制管理，堅持不相容職務相互分離控制原則，分設了會計、稽核、出納崗位，建立了財務專用章、單位負責人印章由出納與財務處長分別管理制度，從而較好地防范了財務舞弊行為的發生，確保了科研經費的安全。此外，該所財務管理部門積極協助科研人員科學編制項目預算，建立并完善了單位內部預算管理責任層級機制，進一步強化了財政資金使用的約束和控制作用，確保資金全程監管。
水稻所十分注重充分發揮內部監督的作用，制定和完善了《中國水稻研究所反腐敗重點防范工作實施意見和責任分解書》，對科研經費的管理和使用進行了分工，明確了各部門的責任，做到了防范于未然。注重發揮紀檢監察、審計等部門的監督作用，完善內部審計監督體系，在財務部門配備專職審計員，以促進資金管理的規范、透明與高效，為研究所科研經費安全使用保駕護航。
