馬鈴薯是最重要的塊莖類糧食作物，也是我國第四大主糧作物。全球有13億人以馬鈴薯為主食。但馬鈴薯的育種進程卻十分緩慢，平時人們在快餐店吃的薯條，是來自120年前育成的一個馬鈴薯品種。為此，中國科學家們提出了“優薯計劃”，目的就是為了讓中國乃至全世界的人們吃上更高產、更優質的馬鈴薯。
如今，優薯計劃實現新突破，迎來了育種新利器。5月4日，國際權威期刊《細胞（Cell）》在線發表了中國農業科學院深圳農業基因組研究所黃三文團隊的最新研究成果：利用進化基因組學鑒定有害突變進而指導雜交馬鈴薯育種。該研究發明了一種新的“進化透鏡”技術，給育種家一雙“火眼金睛”，能夠及早發現出阻礙馬鈴薯育種的基因組有害突變，避免育種“走錯路”，讓大家能夠更快吃上更優質的高產土豆，這使我國在馬鈴薯育種基礎理論和技術上站在了世界領先地位，進入了基因組設計育種新時代。
馬鈴薯育種是世界性難題， 這是因為馬鈴薯是四倍體作物，也就是說“四套基因組”，遺傳分析很復雜。再加上，馬鈴薯屬于薯塊繁殖，繁殖系數僅1：10，相當于收獲10個土豆，人們需要留下一個作為“種子”，極大地增加了種植成本，并且薯塊運輸成本高易感染病蟲害。“優薯計劃”就是要用二倍體馬鈴薯替代四倍體、用種子繁殖替代薯塊繁殖、用基因組學和合成生物學指導馬鈴薯育種，徹底變革馬鈴薯的育種繁殖方式。
育種實際中發現，馬鈴薯基因組中大量雜合有害突變，為實現品種快速改良必須高效剔除有害突變，亟需一種準確鑒定并定量全基因組的有害突變的新技術。我國科學家團隊突破常規思維，將馬鈴薯育種放置在“進化論”這樣廣闊的視野中去研究，進而發明了“進化透鏡”技術。黃三文團隊收集了100份茄科和旋花科的材料（92個物種），通過基因組的比較分析，追蹤最長8千萬年、累計12億年的進化痕跡，在此基礎上開發出“進化透鏡”，用來發現馬鈴薯進化約束及有害突變的點位，繪制了首個馬鈴薯有害突變二維圖譜。有了圖譜，馬鈴薯育種家就可以精確剔除馬鈴薯中有害突變，篩選好的育種材料，預測馬鈴薯產量等表型。
根據進化透鏡解析馬鈴薯的有害突變二維圖譜，科學家們發現傳統育種過程中，使用生長更加健壯的馬鈴薯作為自交系的起始材料的做法可能會南轅北轍，可能會導致在選育過程中子代從父母本中獲得更多有害突變反而不利于馬鈴薯的自交系構建。相反，生長較弱的馬鈴薯遺傳給予代的有害突變更少，后期的自交育種成功率更大。這個結果不僅顛覆了以往的認知，而且還能夠提早2-3年預測馬鈴薯的自交系育種的結果，從而快速創建更多優良馬鈴薯自交系。
不僅如此，研究人員利用該圖譜還開發了一個新的預測模型，科學家可以利用它解讀馬鈴薯的基因，只需要幼苗期的DNA，就可以提前預測馬鈴薯育種材料的產量、株高、薯塊等性狀。
“相比缺少有害突變信息模型，預測準確度提高了45%；相比隨機有害突變信息模型，預測準確度提高了25%。”黃三文表示，這將更好地幫助育種家制定早期育種決策，縮短馬鈴薯育種周期。
中國科學院院士、崖州灣實驗室主任李家洋表示，利用這一研究成果，可以避免選錯材料，將會指導快速培育自交系，不僅對馬鈴薯，還將會對糧、油、果、蔬、茶都有重要的指導作用。
“農業育種離不開大數據，離不開遺傳學、基因組學的布局。”中國科學院院士、中國科學院分子植物科學卓越創新中心主任韓斌認為，這一成果創新性地應用了整個茄科的比較基因組學與進化生物學來指導馬鈴薯育種，思路新穎，引領了世界馬鈴薯遺傳育種研究，對我國種業技術創新具有重要意義。
“該研究預示著作物育種進入一個新的時代，即育種家們不能僅僅關注自己的‘一畝三分地’，更需要從一個更大的進化維度思考育種的新策略。”中國科學院院士、中國科學院植物研究所研究員種康說。
