近日，《園藝研究》（Horticulture Research）在線發(fā)表了中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院柑桔研究所構(gòu)建完成的柑桔全基因組變異數(shù)據(jù)庫(kù)CitGVD（http://citgvd.cric.cn/home），這是第一個(gè)園藝類(lèi)作物全基因組變異數(shù)據(jù)庫(kù)。
柑桔是全世界最重要的商業(yè)水果作物之一。當(dāng)前，柑桔類(lèi)物種的大量基因組重測(cè)序數(shù)據(jù)涌現(xiàn)，可被用來(lái)評(píng)估種質(zhì)遺傳關(guān)系和開(kāi)發(fā)分子標(biāo)記，以期服務(wù)于柑桔分子育種和全基因組選擇輔助育種。為方便訪問(wèn)、利用和分享這些數(shù)據(jù)，國(guó)家柑桔品種改良中心研究員陳善春團(tuán)隊(duì)開(kāi)發(fā)了一個(gè)基于Web的數(shù)據(jù)庫(kù)，即柑桔基因組變異數(shù)據(jù)庫(kù)。
據(jù)悉，這是第一個(gè)針對(duì)柑桔且專(zhuān)用于全基因組變異數(shù)據(jù)和分析的專(zhuān)業(yè)數(shù)據(jù)庫(kù)，其中變異數(shù)據(jù)包括單核苷酸多態(tài)性（SNP）和插入缺失（INDEL）。CitGVD V1.0包含了來(lái)自?xún)?nèi)部測(cè)序項(xiàng)目和公共資源的346個(gè)種質(zhì)的1493258964個(gè)高質(zhì)量基因組變異位點(diǎn)和84個(gè)表型數(shù)據(jù)。
CitGVD集成了基因組變異位點(diǎn)注釋、相關(guān)基因注釋以及有關(guān)種質(zhì)的詳細(xì)信息，并集成了多種內(nèi)置工具來(lái)進(jìn)行數(shù)據(jù)訪問(wèn)和深入分析。這些功能使CitGVD成為柑桔相關(guān)研究的綜合Web門(mén)戶(hù)和生物信息學(xué)平臺(tái)，也為構(gòu)建其他農(nóng)作物的全基因組變異數(shù)據(jù)平臺(tái)提供了范例。
相關(guān)論文信息：https://doi.org/10.1038/s41438-019-0234-3
