科研人員根據煙草基因組重復序列含量較高和基因組較大等特點，通過Illumina第二代高通量測序技術，采用全基因組鳥槍法（WGS）結合構建細菌人工染色體（BAC to BAC）策略進行測序和組裝工作。利用WGS策略構建不同長度的插入片段文庫進行雙末端測序和組裝，同時選取一定基因組覆蓋度的BAC克隆，對BAC克隆進行測序和組裝，然后將兩種數據結合進行深度組裝，最終獲得高質量煙草全基因組序列圖譜，實現對單堿基的高深度重復測序，保證單堿基的高準確率。
經數據分析，獲得絨毛狀煙草和林煙草基因組大小均為2.4Gb，基因組常染色質區覆蓋度達到95%以上，基因區覆蓋度達到98%以上，獲得的全基因組序列圖譜（第一版）contig N50超過20kb，scaffold N50超過350kb，全面達到國際公認高質量精細圖譜標準，居世界領先地位。根據目前工作基礎，預計在年底前可獲得序列圖譜（第二版），預計scaffold N50將達到1M以上，較第一版圖譜有顯著提高。
絨毛狀煙草和林煙草全基因組序列圖譜測序是中國煙草基因組計劃的一部分。中國煙草基因組計劃作為煙草行業的重大專項，于2010年12月啟動，是中國煙草舉全行業之力開展的重大科研攻關，由國家煙草基因研究中心、中國農業科學院煙草研究所、云南煙草農業科學研究院、貴州省煙草科研所、黑龍江省煙草科學研究所等單位為主體承擔，匯集了國內外的權威專家，密切跟蹤當前基因組學、生物信息學、遺傳學等學科的前沿進展，本著對科學負責、對歷史負責、對行業負責的態度，在煙草結構基因組學、功能基因組學和分子育種方面進行了整體規劃和系統實施，保證從技術到系統全面居于世界領先水平。目前，重大專項已經在多個領域取得突破性進展和成果，煙草突變體庫創制已達27萬份并正在進行大規模鑒定和分析，煙草分子遺傳圖譜構建和重要突變基因定位克隆取得突破；根據第一版基因組圖譜及多個樣本的深度轉錄組測序的聯合分析，對煙草主要代謝產物的合成代謝途徑分析更加深入，對煙草減害具有十分重要的意義。接下來，科研人員將有序開展絨毛狀煙草和林煙草的遺傳圖譜和物理圖譜繪制，并啟動大量四倍體栽培煙草的基因組測序工作。
絨毛狀煙草和林煙草全基因組序列圖譜的完成，尤其是中國煙草基因組計劃的實施，將對相關作物學科的發展起到積極的推動作用。（通訊員 魏磊）
