未來五年是我國發展現代農業、建設社會主義新農村和創新型國家的重要歷史時期，也是建設國家農業科技創新體系、依靠自主創新發展農業科學技術的關鍵時期。實施“中國農業科學院‘十一五’科技自主創新行動計劃”，是貫徹落實2005、2006 年中央一號文件精神、《國家中長期科學和技術發展規劃綱要（2006～2020）》、《中華人民共和國國民經濟和社會發展第十一個五年規劃綱要》和2006年中央農村工作會議精神，組織實施《中國農業科學院“十一五”科學技術發展規劃》，發展現代農業科學技術，支撐現代農業發展和社會主義新農村建設，提高我院自主創新能力和國際競爭力，努力實現“三個中心一個基地”戰略目標的重要舉措。
一、重要意義
（一）是發展現代農業科學技術體系、推進創新型國家建設的迫切需要
建設創新型國家，要求在農業方面不斷加強原始性創新、集成創新和引進消化吸收再創新，在農業基礎性工作、基礎研究、應用基礎研究、前沿高技術研究、共性關鍵技術研究、技術示范應用等方面進行系統部署和安排，建立現代農業科學技術體系。
（二）是支撐和服務“十一五”農業與農村經濟工作的迫切需要
圍繞糧食增產、農業增效、農民增收和社會主義新農村建設，實施農業部提出的“三大戰略”和“九大行動”，是“十一五”期間我國農業與農村經濟工作的戰略與重點。因此，迫切需要依靠自主創新發展現代農業技術，提供農業科學技術公共產品與服務，提高農業綜合生產能力。
（三）是迅速增強農業科技自主創新能力和國際競爭力，使農業科技率先躍居國際先進行列的迫切需要
《國家中長期科學和技術發展規劃綱要（2006～2020）》提出“經過15年的努力，農業科技整體實力進入世界前列，促進農業綜合生產能力的提高，有效保障國家食物安全。”，要求重點在種質資源收集挖掘利用與動植物新品種培育、重大農業生物災害預防與控制、農業資源高效利用、農業環境控制與生態修復、農業信息技術與數字農業、農業工程技術與智能化裝備、農產品質量安全與加工、生物質能源與新材料、農業經濟與科技政策等體現國家重大需求和任務的優先領域與發展方向系統部署創新工作，搶占現代農業技術的制高點，取得一批具有自主知識產權的核心技術與突破性成果，推動農業科技水平整體進入國際先進行列。
（四）是新時期我院建設“三個中心一個基地”的迫切需要
建設一流的農業科技創新中心、農業科技產業孵化中心、農業科技國際合作與交流中心和農業科研高級人才培養基地，出發點和落腳點是要提高我院農業科學技術自主創新能力，夯實學科建設、人才與創新團隊建設、基礎設施與科研條件建設、管理制度與創新文化建設等基礎，在優先領域、重點方向形成一批有優勢的重點學科和突破性的重大成果，發展農業科學技術。
二、指導思想和創新目標
（一）指導思想
貫徹落實2005、2006年中央一號文件精神和《國家中長期科學和技術發展規劃綱要
