2005年4月28日，農作物基因資源與基因改良國家重大科學工程第一屆學術委員會暨理事會會議在京舉行。國家重大科學工程學術委員會委員和理事會理事出席了會議。國家重大科學工程管理委員會副主任劉旭副院長主持了學術報告會，管理委員會常務副主任作物科學研究所萬建民所長主持了學術委員會暨理事會會議。國家重大科學工程理事會理事長、管理委員會主任翟虎渠院長作了關于農作物基因資源與基因改良國家重大科學工程建設、總體研究進展與未來展望的大會主報告，學術委員會主任委員范云六院士、學術委員會委員賈繼增研究員、辛志勇研究員、黎志康博士以及郭三堆研究員分別作了題為“轉基因植物及代謝工程研究進展”“基因鑒定研究進展”“轉基因抗黃矮病小麥”“農作物分子育種研究進展”和“轉基因抗蟲棉研究與產業化進展”的學術報告。科技部基礎司張先恩司長、農業部科技教育司石燕泉副司長、國家自然基金委副主任朱作言院士先后在大會上講了話。
出席會議的國內外學術委員就國家重大科學工程研究方向科學性與前瞻性、人才發展戰略與激勵機制、國際合作、開放課題與學術交流策略及資金籌措與使用、大工程管理與運轉模式等主題進行了熱烈的討論。很多外國委員在發言中都表示非常高興能受聘擔任國家重大科學工程第一屆學術委員會委員，并非常愿意為中國的農業發展做出應有的貢獻。美國科學院院士、美國加州大學Gurdev. Khush博士、英國皇家學會會員、美國科學院院士、英國John Innes中心的 Mike Gale博士和美國科學院院士、美國Cornell 大學S.D.Tanksly教授在發言中都充分肯定了中國農科院在科研設施、人才隊伍建設和科學研究方面取得的顯著的成績，并建議基因組學基礎研究設計的五大作物要加強合作、明確目標，要聯合國內外上游、中游和下游的骨干力量按照不同作物建立全國大的育種協作網，要重視資源交換工作，要繼續做好人才培養尤其側重交叉學科的人才培養工作，進一步引進急需人才，積極選派年輕的科學家到國際知名實驗室進行學習培訓。日本農業生物資源研究所矢野昌裕研究員還認為，重大科學工程既要注重基礎研究，也要重視農業應用研究。
翟虎渠院長在總結發言中指出，國家重大科學工程的建設要解決的是國家的重大難題和挑戰，具體說是培育更多的新品種、更好地改善環境。針對目前糧食安全問題，開展基因和遺傳資源研究，應用作物遺傳學、基因組學、生物信息學等多學科的理論和方法，闡明重要性狀形成的基因網絡和代謝途徑，構建大規模新基因發掘、種質創新與育種技術體系，進而發掘和克隆重要性狀基因，創制新種質和育種新材料，培育超高產優質抗逆高效新品種。我們強調基因資源的研究，要做到“上天入地”，“上天”就是要做好基礎研究工作，發表高水平的學術論文；“入地”就是要盡快出好的品種。國家重大科學工程是國家農作物研究的重要平臺，我們要向兄弟單位提供好包括資源在內的服務。目前我院在棉花品種的選育上在國內領先，今后5年的目標是小麥出品種，我們要與國內發展較好的育種單位合作，為他們提供好的種質資源，共同培育優良的小麥品種，爭取在國內占有一席之地。并表示要加強小作物種質資源的收集、整理和研究工作。
據悉，農作物基因資源與基因改良國家重大科學工程實行理事會決策制下的主任負責制。第一屆理事會由中國農業科學院、國家發展改革委員會、財政部、科技部、農業部、國家自然基金委、中國科學院、北京大學、清華大學、中國農業大學、國際水稻所和大北農集團的相關知名專家和領導15人組成，為國家重大科學工程的最高決策機構，中國農業科學院院長翟虎渠任理事長；第一屆學術委員會由在農作物基因資源與遺傳改良領域內學術造詣高、在國內外享有盛譽的22名專家組成，如著名的植物基因組學專家英國皇家學會會員、美國科學院院士M.D.Gale博士、國際著名的水稻遺傳學家美國科學院院士S. D. Tanksly、國際著名的水稻遺傳育種學家美國科學院院士Gurdev. Khush博士、美國Cornell 大學吳瑞博士、國際著名的水稻分子生物學家日本農業生物資源研究所矢野昌裕博士、中國工程院院士香港中文大學辛世文博士和內地兩院院士范云六、李振聲、董玉琛、戴景瑞、方智遠、蓋鈞益、張啟發等，學術委員會主任由范云六院士擔任。學術委員會為重大科學工程的最高學術審議機構，負責審議、制定重大科學工程的學術研究方向、研究內容及研究計劃；考核、評價各實驗室工作等。
農作物基因資源與基因改良國家重大科學工程是原國家發展計劃委員會投資，以中國農業科學院為依托單位建設的我國第21個，也是農業及生物領域迄今為止唯一一個國家重大科學工程。它是我國農業科學基礎研究與應用基礎研究領域能力建設的重大進步和標志性工程。該工程已于2003年11月竣工并投入使用。它的建成，使我國具備了世界一流、國內最好、大規模、高通量和高效率進行作物基因資源與基因改良研究核心設施和技術平臺，為國家這一相關領域的重大研究項目提供了必要的條件和技術支撐，成為國內同類研究共享的技術平臺。
該工程在建設過程中，本著設計施工與科學研究同時啟動、體制與運行機制改革和人才引進并舉的原則，抓緊建設并取得了顯著的成就。積極聯合全國相關研究力量，積極承擔了“重要農作物核心種質的構建、重要基因發掘”等“973”、“863”等國家級重大基礎性研究項目，廣泛開展了遺傳多樣性與核心種質研究、種質資源基因鑒定與新基因發掘、基因克隆與功能研究、種質創新及分子育種技術研究，尤其是加強了以擁有自主知識產權為目標的新功能基因的研究與農作物優質抗逆分子育種等方面的研究力度，并取得了一批如：“中國農作物種質資源收集保存評價與利用”“抗蟲基因的研制及其應用于創造抗蟲棉”等重要研究成果，發現并克隆了一批優異基因。重大科學工程還以其國際一流的硬件設施條件、科學的管理體制、先進的運行機制和以人為本的創新環境，匯集了農作物基因資源、基因改良、分子育種等方面的優秀人才，形成了一支老中青相結合的實力強大、陣容整齊具有國際競爭里的研究隊伍。特別是最近幾年，從國內外引進了一大批優秀的中青年科學家，使這支隊伍更加充滿活力，整體實力進一步加強。
重大科學工程還積極參與國際合作，與CIMMYT、IPGRI、IRRI三個國際組織及四個發達國家實驗室共同發起了“挑戰計劃--為窮人開發作物遺傳多樣性”，與美國、法國、德國、澳大利亞、巴西、韓國、IRRI、CIMMYT、IPGRI、UNDP、國際原子能機構等開展了60多項國際合作研究，參與和主持了國際大科學合作如CGIAR挑戰計劃項目、全球豐收計劃附加項目等重大項目；主辦了首屆基于基因組學的植物種質資源研究國際學術研討會、國際小麥品質學術研討會、Havestplus等一系列大型國際學術會議；建成了CAAS-IPGRI農業生物多樣性研究中心，并開始聯合實施農業生物多樣性的保護和可持續利用項目。
隨著重大科學工程進一步開放，優秀人才的進一步引進，科研工作的進一步深入，作為我國的作物基因資源與基因改良學科發展基地、技術創新基地、高級人才培養基地與國內外學術交流基地，它必將在提高我國在農作物基因資源與基因改良領域的創新能力與研究水平，加速我國在作物科學的基礎研究、應用基礎研究、高技術前沿、實用關鍵技術與重大產品開發及其相關高技術產業的發展，進一步提升我國農業科技的國際競爭力，積極應對我國21世紀糧食和農業面臨的嚴峻挑戰等方面做出新的更大的貢獻。
翟虎渠院長發表講話
范云六院士作主題發言
會議會場
我院副院長劉旭發表講話
