蔬菜花卉所科研人員經多年潛心研究與實踐，在甜、辣椒種質資源創新、抗病育種技術、分子標記輔助育種技術及新品種選育研究等方面達到國際先進水平，其中甜椒胞質雄性不育恢復系分子標記輔助選擇技術處于國際領先地位。
從引進的甜、辣椒種質資源中，鑒定評價出230份優良育種原始材料，采用常規育種技術與生物技術、抗病鑒定技術相結合，創新出優異親本自交系11份。在國內首次育成抗疫病兼抗黃瓜花葉病毒（CMV）、適合保護地長季節栽培的甜椒優異自交。
在國內率先進行了甜、辣椒主要病毒原種群的鑒定，明確了我國華北地區的主要病毒原種群，并對株系進行了劃分。在國內最早建立了病毒病、疫病的多抗鑒定技術體系。
在國際上首次報道了甜椒胞質雄性不育恢復性的QTL定位，并建立了甜椒胞質不育恢復性與抗疫病的分子標記輔助選擇體系，結合花藥（小孢子）培養技術開展了甜、辣椒優異種質資源的創新。
利用創新的自交系，育成了具有自主知識產權的新品種3個。其中“中椒6號”是我國種植面積最大的微辣型辣椒品種，“中椒7號”是目前國內北方地區最佳的大果型適于保護地早熟栽培的甜椒品種，“中椒8號”是適合我國北方地區越夏戀秋栽培的甜椒品種。這3個品種在全國已累計種植600多萬畝，成為我國北方和中南地區甜、辣椒主栽品種，增加經濟效益20多億元。
