2009年11月26～28日，作科所在北京昌平召開了2009年作物科學發展戰略研討會。翟虎渠院長、劉旭副院長、袁龍江副局長等院領導出席了研討會，作科所全體所領導、職能部門負責人、系（中心）主任、領域專家共53人參加了會議，莊巧生院士也出席了會議。會議由張保明書記和王述民副所長主持。
萬建民所長首先就2008年作物科學發展戰略研討會提出需要解決的各項議題的進展情況進行了總結。萬所長指出，在農業部和中國農業科學院的領導和支持下，經過全所上下一年的努力，各項議題取得了顯著進展。進一步明確了方向任務，優化了人才隊伍，強化了成果申報，創新了管理機制，提升了科研條件，增加了職工收入。2009年，第一完成單位獲國家科技進步二等獎2項，第二完成單位獲國家科技進步二等獎3項，2個團隊被評為院優秀科技創新團隊，6個團隊被評為院重點科技創新團隊，新國家作物種質庫建設項目已獲發改委同意立項，國家植物轉基因技術研究中心已通過轉基因重大專項的立項申請。
翟虎渠院長在會上做了重要講話。翟院長指出，近幾年作科所發展又好又快，重大工程和農場等條件建設良好，種質資源基礎性工作取得很大成績，分子育種水平有了較大提高，全國大聯合大協作得到了強化，學術氛圍濃厚，科研成果豐碩，為國家糧食安全、生態安全、農民增收和農業可持續發展做出了貢獻。翟院長要求作科所進一步解放思想，大幅度提高職工待遇，開展人事管理試點，加強科研平臺建設，進一步優化人員和資源配置，深化課題組整合，強化所內合作和協作，突出論文和品種兩大產出，培育突破性新品種。翟院長最后指出，作為我院第一大所，作科所要繼續發揮引領作用，推動我國作物科學的快速發展。
研討會圍繞研究所的定位與研究方向、人才隊伍建設與協調布局、重大成果的凝練申報和高效轉化、科研管理與行政管理機制創新、條件建設和科研能力提升，以及以人為本提高職工待遇等六個議題展開討論，與會專家踴躍發言，達成了諸多共識，會議取得了預期成效。
萬建民所長做了總結發言。萬所長指出，這次會議開的非常成功，大家暢所欲言，凝聚共識，謀劃發展。萬所長強調，作科所定位準確，方向明確，下一步要強化成果凝練和申報，下大力氣自己培養育種人才，引進杰出人才，加強團隊建設和管理，深化課題組整合，進一步優化資源配置;要開源節流，提高職工待遇；要突出優勢，突出創新，為提高我國作物科技自主創新能力做出新的更大貢獻。
