近日,中國農業科學院油料作物研究所芝麻與特色油料遺傳育種創新團隊在國際知名學術刊物《核酸研究(Nucleic Acids Research)》發布了植物微衛星DNA及其標記開發數據庫PMDBase。該數據庫的創建和共享將為全球作物功能基因組學和分子育種研究提供全面的、便利的基礎平臺。
微衛星DNA,也稱為SSR,是涉及許多重要生物功能的基因組成分,已被廣泛地應用于作物基礎研究,包括遺傳多樣性、連鎖和關聯作圖、標記輔助選擇、品種鑒定和進化分析等。
據介紹,該團隊開發了一套便捷高效的微衛星DNA位點鑒定及分子標記開發流程,對截至目前已完成基因組測序的110個植物進行了鑒定,已發掘微衛星DNA位點 超過2600萬個,并為每個位點開發了3對引物。用戶可獲取目標物種有用的微衛星DNA位點和引物信息,以及每個位點所屬物種、位置、起止、類型、大小以及序列信息。用戶可以利用數據庫進行微衛星DNA位點在線鑒定及分子標記在線設計。該數據庫還提供了多種檢索方式和下載功能,所有數據和分析結果都可下載。
該數據庫為全球研究者們提供了在線的、友好的、便利的植物微衛星DNA鑒定平臺,同時還整合了在線微衛星DNA鑒定網絡服務,是目前國際上涵蓋最多植物物種和信息最全面的綜合性數據庫,填補了同領域相關研究空白。
該研究得到國家自然科學基金、中國農科院創新工程和所長基金等項目的支持。芝麻與特色油料遺傳育種創新團隊的于景印博士為論文第一作者,團隊首席張秀榮研究員為論文通訊作者。
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