2016年，中國農業科學院貫徹落實創新驅動發展戰略，圍繞科技創新工作，制定院科技發展“十三五”規劃，圍繞規劃重點任務，全面推進基礎研究引導、重大項目儲備、重大成果培育、重大平臺推進、農業智庫建設等五大計劃實施，統籌優化配置科技資源，為規劃目標的實現提供核心支撐。
制定“十三五”科技發展規劃，引導創新發展方向。全面對接落實國家創新驅動發展戰略綱要、“十三五”國家創新規劃和全國農業現代化規劃，研究制定《中國農業科學院 “十三五”科學技術發展規劃》，編制完成《“十三五”科技發展規劃實施方案》，系統部署世界一流現代科研院所、科學（技術）中心、卓越團隊、重點項目、平臺建設、機制創新等重點任務，為中國農科院“十三五”科技創新謀劃了路徑。組織全院12個戰略研究團隊,通過廣泛調研分析，編制出版《跨越“2030”農業科技發展戰略》，提出未來我國農業科技中長期跨越發展目標、布局、路徑與重點任務。
實施“重點項目儲備計劃”“基礎研究引導計劃”，立項實現開門紅。2016年主持國家重點研發計劃“化肥農藥減施”等10個專項的32個項目，經費17.6億元，在農口專項中立項數達25.2%，經費31.4%，充分體現了國家隊優勢。國家自然科學基金項目立項規模穩中有升，獲批項目數量與經費總額再次創歷史新高，共獲科學基金資助項目321項，經費1.6億元，其中面上和青年項目分獲141和161項，創新群體1項，重點及合作類項目17項，其他類項目1項。“棉花種質創新和高產分子育種”團隊獲得國家自然科學基金創新研究群體資助。
實施“重大成果培育計劃”，成果產出快速增長。加大成果培育力度，對重大品種、重點產品、主推技術、苗頭成果進行持續跟蹤培育。2016年獲得各類科技獎勵111項，發表科技論文4722篇，其中在《自然•遺傳》等頂尖學術期刊上發表論文13篇，授權專利1408項，審定新品種130個。基礎研究方面，在芥菜基因組結構和起源解析，白菜、甘藍和油菜的重要性狀調控基因挖掘，水稻-稻瘟菌互作過程新機制研究等方面取得重要進展。重大成果方面，全院7項成果獲得國家科學技術獎勵，其中
作科所“小麥種質資源與遺傳改良創新團隊”獲得農業領域第一個國家創新團隊獎；14項成果獲農牧漁業豐收獎。8項專利獲得中國專利優秀獎。43項成果獲省級科技獎勵。宏觀戰略研究方面，組建第八屆院學術委員會，開展系列學術咨詢活動；農業經濟與政策顧問團提交的多篇戰略研究報告得到國家領導人重要批示，為國家宏觀決策發揮了積極作用。
扎實推進國家農業科技創新聯盟建設，搭建農業科技工作新平臺。以資源共享為抓手，成立了農作物種質資源聯盟，為全國無償提供優異種質資源達3000多份次；成立了農業大數據與信息服務聯盟，為聯盟成員單位提供科技資源在線下載和1小時快速原文傳遞服務等。以產業發展技術瓶頸為抓手，成立了馬鈴薯產業聯盟，開發馬鈴薯主食產品6大系列250余種；成立了棉花產業聯盟，在新疆、黃河、長江三大棉區謀劃建設一批優質棉科技示范園；成立了奶業科技創新聯盟，開展了奶源生產、乳品加工、監測、營養功能、質量安全風險評估等技術創新；成立智慧農業聯盟，推動農業信息化建設，深度融合一二三產業；成立了農業廢棄物循環利用聯盟，系統制定農業廢棄物循環利用方案，推動農業環境污染等問題的解決；以解決企業發展的技術瓶頸問題為抓手，協助農業部科教司共同成立了天敵昆蟲等14個企業聯盟，
初步構建起了“企業主導、專家開方、協同創新、利益共享”的運行機制。以區域發展重大問題為抓手，針對東北黑土地保護、華北地區節水保糧、南方稻田重金屬防治等重大區域發展問題開展協同創新；指導成立了京津冀、西北五省等6個區域聯盟，本年度爭取各地方政府對區域聯盟的資金支持達5.5億元。
