作物科學所建所四年來，在科研項目、條件建設和人才培養等方面取得了一定的成績，近年來中央財政進一步加大了對農業科研的投入，在新的形勢下，總結四年來的工作經驗和教訓，進一步探討建所之初確定的研究方向、學科設置和人才建設的科學性，為適應國家的需求，研究所如何進一步凝練研究目標，加強人才、學科和科研條件建設等問題顯得尤為必要，因此，作物科學研究所，于2007年11月17～18日，在北京召開了作物科學所發展戰略研討會。
莊巧生院士、董玉琛院士，作物科學所所領導、職能部門負責人、各系（中心）主任和有關專家共45人參加了本次會議，會議由作物科學所張保明書記主持，與會專家根據作物科學所的實際情況，對作物科學所的發展戰略進行了廣泛而深入的討論，內容涉及學科發展、研究方向、研究任務、人才建設、科研成果、科研條件、學術氛圍和文化建設等方面。
劉旭副院長應邀出席了會議并作了重要講話。劉旭副院長分析了作物科學所的形勢，強調了作物科學所在全院的地位和作用，作物科學所要在現有體制下進一步做好科學研究工作，要出材料和方法，要出理論和技術，要出成果和論文，要組織協調好全國科技攻關，為全國科技創新和產業發展做好服務。在今后5年的發展中，要進一步細化研究方向和任務，策劃一批重大選題，動員全所力量進行重點突破；要形成一支穩定的科研團隊，加強科技成果的集成，不斷涌現新的科研亮點。最后，劉旭副院長希望作物科學所越辦越好，成為全院的一面旗幟。
萬建民所長在會議上做了總結，強調作物科學所要制定整體規劃，堅持有限目標、長中近期結合，強化學科發展，在進一步強化四大作物和四大學科發展的同時，加強對雜糧作物的研究，發展大豆栽培學、蛋白組學和生物信息學，凝練科學問題，加強生物技術育種與常規育種的結合，進一步推進課題組的整合，在出高水平論文的同時要出大品種，尤其是廣適應性和節水抗旱的品種。要建立科學合理的人員考核與評價機制，加強人才引進，建立人才培養管理機制和繼續教育制度，完善課題組人才梯隊，優化人才結構。要建立和完善作物技術平臺、表型鑒定平臺、基因型鑒定平臺，轉基因技術創新平臺和作物科學試驗站,建立和完善全國作物協作網。要加強成果的集成、凝練和申報工作，重點培育“中黃13” 、矮敗小麥、分子育種、小麥新基因發掘、小麥品質鑒定技術、作物野生近緣植物種質資源考察收集及其利用等一批重大成果。要進一步完善管理制度，建立所內合作機制，重視科研管理和服務，推進網絡文化建設，加強精神文明建設，創造良好的學術氛圍；要進一步調整機構，創新管理，提高理財水平，增加職工福利；要加強所辦公司的管理，提高運作和服務水平；全面提高作物科學研究的科技創新能力和國內外的影響力。
