博士學位證書（內芯）邊框為淡粉色，碩士學位證書（內芯）邊框為淡藍色，邊框樣式與原國家印制的學位證書邊框保持一致；證書（內芯）均帶有中國農業科學院Logo為水印的防偽標志。
證書封皮上部為“中國農業科學院”郭沫若體，中部為中國農業科學院Logo，下部標注博士、碩士學位證書字樣；內封為中國農業科學院研究生院院訓“明德格物，博學篤行”；博士學位證書封皮顏色為深紅色，碩士學位證書封皮顏色為深綠色。
2015年，國務院學位委員會、教育部印發《學位證書和學位授予信息管理辦法》，決定從2016年1月1日起，學位證書由各學位授予單位自行設計印制，國務院學位委員會辦公室印制的學位證書不再使用，各學位授予單位自主設計的學位證書不得使用國徽圖案。
根據文件精神，在符合國家有關規定的基礎上，證書設計力求體現中國農業科學院元素，并同步設計了英文副本，整體風格和主要元素與中文正本保持一致，面向全院研究生和各培養單位征求了意見，經第八屆學位評定委員會第六次會議審議，最終確定了學位證書的版式。
為配合新版學位證書的使用，中國農業科學院研究生院對畢業證書的樣式也進行了相應的調整。
