在研討會上，中央農村工作領導小組辦公室主任陳錫文做了“繼續深化農村改革、全面推進農村小康建設”的報告，就十七屆三中全會文件的框架結構和主要內容進行了解讀，并就文件中提出的重大政策問題，如基本經營制度、土地政策及糧食生產和糧食安全等熱點問題談了自己的看法。河南省代省長郭庚荗以“堅持改革 不辱使命”為題，圍繞建立糧食穩定增長的長效機制等問題做了精彩的報告。全國涉農(林)高等院校經濟和管理學院院長、各省農科院農經所所長等全國農經界同行就開展學、研結合，進行農經學科大協作等問題進行了熱烈的討論，提出了許多具有建設性的意見與建議。
農經所建所50年來，在農業部和中國農業科學院黨組的正確領導下，始終堅持從我國農業和農村經濟發展的實際出發，著力開展公益性、基礎性、前瞻性研究工作，始終堅持面向生產、服務決策、團結協作、開拓創新的指導思想，深入基層，調查研究，在農業發展戰略、農業技術經濟、農產品國際貿易、農村能源與環境經濟、食物安全政策、農村貧困、農業科技政策、農業現代化、區域發展、農業企業發展戰略等方面取得了一系列重要理論與實踐應用成果，不斷向國家提出決策依據和建議，并被采納應用，培養了一大批優秀的農業經濟研究及政策分析人員，為我國農業經濟學科建設和政策制定做出了應有的貢獻。
早在20世紀50年代末，針對當時人民公社及大躍進中一味追求產量、不計效果的社會現象，農經所及時開展了農業技術經濟研究； 60年代，受國務院委托，進行農業區劃調研；改革開放以后，農經所及時調整研究方向，重點開展農業發展戰略、政策及農產品國際貿易等方面的研究，先后取得的一批重要科研成果。為了創新政策分析方法，農經所于1982年率先在全國農口組建了電子計算中心。
2000年以來，農經所特別加強了為政府宏觀決策服務的基礎性研究。2002年成功申請世界銀行第四期貸款項目“國家農業政策分析與決策支持系統開放實驗室”，并在國際上首次提出了“國家農業政策分析開放實驗室”概念，初步建成了一個開放性的農業政策分析公共平臺，目前已有30余項開放實驗室的研究成果在農業部、商務部等決策支持中發揮了重大作用，如：關于WTO新一輪農業框架協議對中國農業的影響研究成果及談判建議，已被農業部農產品貿易促進中心采納，并用于香港回合部長級談判，為我國參與WTO農業談判提供了技術支持。
從2005年開始，為加強農業經濟政策研究的科學性與針對性，農經所成立了“農業經濟與政策顧問團”，聘請長期從事農業政策研究的院士、資深專家、中央有關部門領導以及地方主管農業的領導為顧問，以便更好地為黨中央、國務院重大決策服務，為地方發展提供決策支持。顧問團的研究成果通過簡報《判斷與思考》及時向黨中央、國務院報送，受到中央領導的高度重視。
農經所未來的發展方向是，面向發展現代農業和建設社會主義新農村的需求、面向國際農業經濟研究的前沿，加強農業公共政策創新，加強農業經濟理論和研究方法的創新，逐步將農經所建設成為農業經濟與政策研究的創新中心和國際交流中心，成為國際知名的國家級非營利性農業經濟研究機構。
