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    2006年3月2日至3日，作物科學研究所在重大科學工程報告廳召開了2005年度科研課題匯報暨科技成果表彰大會。會議旨在進一步加強國家項目的過程管理，擴大各課題組的交流與合作，促進重大科技成果的培育。全所中級以上職稱的科技人員參加了大會，董玉琛院士和有關專家擔任課題匯報評審委員。會議期間，科技部農村與社會發展司賈敬敦副司長到會并發表了講話。
    33位課題負責人就本課題組的基本情況、承擔課題情況、取得的重要進展（閃光點）和2006年工作重點等進行了報告。報告內容涉及作物品種資源、作物遺傳育種、基因工程與基因改良、作物栽培及信息農業等領域，涉及作物包括小麥、玉米、水稻、大豆、食用豆、雜糧等。評審委員們對任務完成情況進行了初步評價，并對各課題組存在的問題及發展方向提出了建議。出國6個月以上的訪問學者也匯報了在他們國外期間取得的科研進展。
    萬建民所長在開幕式上指出，新所成立三年來，在研究方向、科研條件和人才引進方面都取得了比較大的成績，但是我們仍然要看到自己的差距，只有正視差距才有利于今后的發展。希望通過此次會議能夠探討五個方面的問題：一是我們的研究條件和軟環境還需要怎樣改進，包括學術氛圍、風氣和學風。二是研究隊伍的建設能否適應形勢的需要，諸如課題負責人喜歡留自己的博士生、碩士生，這種“師傅帶徒弟”的方式有何利弊，還需不需要引進高水平人才。三是研究方向和內容還需不需要調整。四是我們與兄弟所的差距在哪里，尤其是在品種培育和社會效益方面的差距。五是成果評價的方式問題，雖然目前的評價體系仍發揮著重要的作用，有沒有更好的評價方式。同時希望沒有排上名次的課題組認真地反省，把成績和不足總結出來。
    在大會總結時萬建民所長指出，與兩所合并以后第一次課題組匯報相比，我們的進展很快，進步很大，研究水平提高了，產出在不斷地增加。在國際刊物上發表的論文數量和質量都在增長，我所2005年度的論文獎勵比2004年度翻了兩番多，但是品種的獎勵增幅不大。就課題組而言，整體情況變化不大，但黎志康、李立會、邱麗娟等課題組的進步很快。我們以后要進一步完善獎勵政策，把基礎性工作納入獎勵范圍。董先生講過一句非常精辟的話：我們要把最簡單的工作做出最高的水平。
    萬所長強調指出，每個課題組今后的工作都要考慮突出特色、社會和科學的需求。要進一步引進人才，加強人才培養，45歲以下的課題組組長全部要有博士學位，要把主持自然科學基金項目作為科研人員晉升副研究員的條件之一。
    萬建民所長最后指出，我所的研究條件與國際水平相比還有很大差距，特別是在小設施的配套上，希望大家能夠提出一些合理化的建議，把我們的研究條件進一步改善好，力爭兩年內把國家植物分子育種工程中心建設起來，形成一個完整的研究平臺體系。要培育重大品種、重大成果，同時建立良好的學科交融和學術風氣，樹立信心，把我們所建設得更好。
    匯報會后，對2005年度在科技成果獲獎、科技論文發表和新品種選育等方面作出突出貢獻的課題組進行了表彰。2005年度獲得科技論文獎前三名的課題組分別是賈繼增、何中虎和萬建民課題組；獲得新品種獎的課題組分別是劉秉華、趙開軍、韓粉霞、黃長玲和王天宇課題組；人均科研成果前三名的課題組分別是何中虎、萬建民和賈繼增課題組。