陳萬權長期從事小麥銹病、黑穗病、赤霉病等麥類真菌病害生物學、監測預警與綜合防治技術研究。先后主持國家“973”計劃、“863”計劃、科技支撐計劃、轉基因重大專項、公益性行業專項、國家自然科學基金和國際合作等17項重大科研課題；獲得國家和省部級科技成果獎勵8項，其中，主持完成的“中國小麥條銹病菌源基地綜合治理技術體系構建與應用”成果于2012年獲得國家科技進步獎一等獎；獲得國家發明專利授權10項；主編和副主編《Disease Risk and Food Security》、《圖說小麥病蟲草鼠害防治關鍵技術》、《植物保護學學科發展報告》等著作11部；主持制定《小麥抗病蟲性評價技術規范》農業行業系列標準8項，參加制定農業行業標準1項，并已頒布實施。在Molecular Plant Pathology、Plos One、Fungal Genetics and Biology、Phytopathology、中國農業科學、植物病理學報等國內外學術刊物發表論文160多篇，其中SCI源期刊論文20多篇。近年來，應邀做國際國內重要學術會議大會報告10余次，培養研究生40多名。
陳萬權心系三農，服務農業生產，科研課題緊密結合國家的重大需要和農業生產實際，經常深入西北、西南貧困山區和少數民族聚集地開展調查研究、試驗示范和技術指導工作，為基層農技人員和廣大農民排憂解難，解決農業生產中植物保護科技問題。多次組織農業植保重大問題的調研活動，向政府管理部門提供決策咨詢報告10余件，獲得溫家寶總理、回良玉副總理、劉延東國務委員等國家領導人的批示。工作腳踏實地、兢兢業業，成績顯著，充分體現了當代農業科學家為國為民的風采，為我國植物保護事業的發展做出了重要貢獻。2012年被評為全國農業科研杰出人才和全國糧食生產突出貢獻農業科技人員。
