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科技創新工程圍繞使命定位，構建學科方向，部署科研團隊，凝練創新任務。

聚焦國家重大戰略需求，圍繞基礎性、長期性、公益性農業科研任務組織科研團隊持續開展科研攻關；圍繞前瞻性、戰略性、引領性重大農業科研任務組織開展跨學科跨團隊的重大任務聯合攻關。組織開展的糧食、蔬菜等綠色增產增效協同創新任務，水稻、小麥、玉米、大豆“藏糧于技”等院級重大科研任務，對于保障糧食安全起到了重要作用。

新時期，中國農科院聚焦“國之大者”，凝練提出“六件大事”（種子、耕地、生物安全、農機裝備、綠色低碳、鄉村發展） “十大使命”和“十四五”期間的78項重點任務清單，進一步明確加快基礎研究、前沿技術創新和關鍵核心技術攻關。

研究所和科研團隊圍繞院級使命清單細化落實任務，實施系列科技行動，形成了務實、前瞻、系統的使命清單體系，真正讓各創新單元明晰使命定位，明確科研創新方向和重點任務，持續開展科技創新。