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科技創新工程采用績效管理方式對研究所和科研團隊進行管理與考評。

采取分級考評，農業農村部、財政部考評農科院、農科院考評研究所、研究所考評科研團隊。采取分期考評，年度監測，三年中期評估，五年期滿考評。采取分類考評，院對研究所考評按照作物園藝類、畜牧獸醫類、其他專業類分組進行。

院與研究所、研究所與科研團隊簽訂任務書，從體制機制創新、科技創新、成果轉化與貢獻、人才團隊建設、科研條件建設、國際合作與交流、資金使用與管理等方面明確任務目標，進行全面綜合評價，避免“四唯”。

考評結果與目標校正、動態管理、績效預算等直接掛鉤，提高財政資金使用效率。考評結果為“較差”的研究所，將被核減科技創新工程經費，考評結果為“較差”的科研團隊，將退出科技創新工程或被核減科技創新工程經費。