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圍繞科技創新工程實施需要，啟動實施科技平臺提質行動，建設完善設施平臺，優化平臺基地布局，提升管理水平，構建起裝備先進、功能完善、運轉高效、開放共享、支撐有力的科技平臺體系，為我院建設世界一流學科和一流科研院所提供了強有力的支撐。目前，擁有國家級、部門級、院級各類平臺550個。

在全國重點實驗室重組中，我院水稻生物育種等8個牽頭實驗室，畜禽生物育種等7個參與的實驗室獲得批準，獲得歷史性突破。我院牽頭全國重點實驗室增加2個，參與的全國重點實驗室增加7個。

國家鹽堿地綜合利用技術創新中心正式獲得批復，成為全國農業領域第5家國家技術創新中心。建有6個國家科技資源共享服務平臺，其中科學數據中心1個，生物種質與材料資源庫5個。其中，國家作物種質資源庫的長期庫新庫正式落成并投入試運行，庫容上限提升至150萬份，大大緩解目前資源長期保存的壓力，并極大地提升國家作物種質資源戰略保存和共享服務能力。建設中的國家家養動物種質資源庫建成后總建筑面積1.4萬平方米，保存容量可突破2500個品種，超低溫保存精液、胚胎、細胞等遺傳材料可超過3300萬份，屆時將位居世界首位。試驗基地布局不斷優化，全院共有109個試驗基地分布在27個省（自治區、直轄市），基本覆蓋糧食主產區、典型農業生態區。近年來，分別在新疆昌吉、海南三亞新建綜合性基地，在黑龍江寶清、甘肅平涼等布局專業驗基地。