始終將學科體系作為引導全院科技創新的“指揮棒”，推動科技創新工程組織實施，加強現代農業科研院所建設。按照新時期中國農科院“四中心一智庫”建設、舉院抓大事改革和一農向三農轉變內在要求，不斷優化調整學科體系設置，引導各類科技資源向已有重點優勢學科、新增新興學科集聚。農作物基因組學研究、農作物強雜交優勢利用與新品種創制、綠色超級稻培育、動物重大疫病流行機制與疫苗研制等方向達到世界前列甚至領先水平，基因編輯與基因工程、智慧農業、都市農業等新興交叉學科力量不斷壯大。
根據信息所對全球綜合機構12大學科領域科技論文競爭力分析結果（數據范圍2017-2021年）來看，中國農業科學院部分學科在國際上處于領先地位。
表1 中國農科院在2017-2021全球機構領域科技論文競爭力指數中的排名情況
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